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[发明专利]一种用于基因比对的加速方法、装置、存储介质与服务器-CN202010442856.X有效
发明人：谭光明;王元戎;张中海 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明提出一种用于基因比对的加速方法，其特征在于，包括：步骤1，获取待比对的基因序列，并将该基因序列中的各碱基存储于一压缩式BWT数据结构，得到一BWT序列，于该BWT序列中插入一计数点，得到一压缩序列；步骤2，获取一目标碱基，将该压缩序列中的该计数点以表项的形式存储于一查找表中，通过访存该查找表中的该计数点，对该压缩序列中的每一个碱基与所述目标碱基进行比对，得到比对结果；其中，所述压缩式BWT数据结构采用二进制位存储所述基因序列中的各碱基。
一种用于基因加速方法装置存储介质服务器

[发明专利]获得细胞内确定性事件的方法、电子设备及存储介质-CN201880003025.3有效
发明人：牛钢;范彦辉;张强祖;张春明;谭光明;冯震东 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2018-12-21 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16B5/20 文献下载
摘要：本申请公开获得细胞内确定性事件的方法、电子设备及存储介质，所述方法包括：获得被检测对象的若干突变基因；获得所述若干突变基因中的每个突变基因对于预定基因组中的每个基因发生改变的驱动力信息；依据所述若干突变基因中的每个突变基因对于所述预定基因组中的每个基因发生改变的驱动力信息，获得所述若干突变基因对所述预定基因组中的每个基因发生改变的驱动力信息；以及依据所述若干突变基因对所述预定基因组中的每个基因发生改变的驱动力信息，确定所述被检测对象的至少一个预定类型的细胞内确定性事件信息。
获得细胞内确定性事件方法电子设备存储介质

[发明专利]一种疾病的图像编码工具、展示方法及应用-CN202310031359.4在审
发明人：牛钢;刘雨晗;薛宜青;张东明;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2023-01-10 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明涉及医学研究领域，公开了一种疾病的图像编码工具，其包括病灶细胞编码图像和病灶微环境编码图像，利用疾病的图像编码工具的展示方法，采用展示方法的系统图像及应用。本发明的目的是针对研究者们通常对肿瘤和疾病的研究是单一方向的探索，认识片面化的问题，具体提供一种能够使研究者更全面认识地肿瘤或者其他疾病的图像编码工具、展示方法及应用。
一种疾病图像编码工具展示方法应用

[发明专利]患病风险预测方法、电子设备及存储介质-CN201880003024.9有效
发明人：牛钢;范彦辉;王坤;杨梅;张春明;谭光明;冯震东 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2018-12-21 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请公开患病风险预测方法、电子设备及存储介质，所述方法包括：获得被检测对象的属于预定基因组的突变基因对于若干条预定信号通路的活性改变的驱动力信息；获得第一及第二参考对象组中的每个参考对象的属于所述预定基因组的突变基因对于所述若干条预定信号通路的活性改变的驱动力信息；其中，所述第一参考对象组中的各参考对象属于健康类对象，所述第二参考对象组中的各参考对象属于患特定疾病类对象；依据所述被检测对象的突变基因对于若干条预定信号通路的活性改变的驱动力信息及所述第一及第二参考对象组中的每个参考对象的突变基因对于所述若干条预定信号通路的活性改变的驱动力信息，对所述被检测对象、第一及第二参考对象组中的各参考对象进行第一聚类；以及依据进行所述第一聚类后获得的第一聚类结果输出所述被检测对象患所述特定疾病的风险。
患病风险预测方法电子设备存储介质

[发明专利]靶向FOLFOX治疗不敏感的增敏剂药物组合物及其应用-CN202110245439.0在审
发明人：牛钢;薛宜青;范彦辉;张强祖;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2021-03-05 - 公布日： 2022-09-06 - 主分类号： A61K45/00 文献下载
摘要：本申请涉及生物医学技术领域，提供了一种靶向FOLFOX治疗不敏感的增敏剂药物组合物，所述增敏剂药物组合物包括CD40L抑制剂。所提供的靶向FOLFOX治疗不敏感的增敏剂药物组合物，采用FOLFOX治疗时，通过提供包括CD40L抑制剂的增敏剂药物组合物，利用CD40L抑制剂的药物阻断血小板的持续活化与sCD40L释出，增加对FOLFOX治疗的敏感性。
靶向 folfox 治疗敏感增敏剂药物组合及其应用

[发明专利]疾病治疗管理因素特征自动预测方法及电子设备-CN201980001872.0有效
发明人：牛钢;范彦辉;冯震东;张强祖;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2019-09-02 - 公布日： 2022-08-16 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请公开疾病治疗管理因素特征自动预测方法及电子设备，所述方法包括：电子设备获得目标对象的被测样本的若干突变基因对预定基因组中的各个基因的表达活性的一致性负担参数数据，其中所述预定基因组与所述疾病对应；以及所述电子设备基于所述一致性负担参数数据，输出所述目标对象相对于所述疾病的至少一个治疗管理因素特征的预测数据。
疾病治疗管理因素特征自动预测方法电子设备

[发明专利]疾病类型自动确定方法及电子设备-CN201980001865.0在审
发明人：牛钢;范彦辉;冯震东;张强祖;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2019-09-02 - 公布日： 2021-06-08 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：一种疾病类型自动确定方法和电子设备，所述方法包括：所述电子设备获得被测样本的若干突变基因对预定基因组中每个基因的表达活性的综合影响参数数据(S81)；以及所述电子设备基于所述若干突变基因对预定基因组中每个基因的表达活性的综合影响参数数据，确定所述被测样本对应的疾病类型标签(S82)。
疾病类型自动确定方法电子设备

[发明专利]获得细胞内确定性事件的方法及电子设备-CN201980001864.6在审
发明人：牛钢;范彦辉;冯震东;张强祖;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2019-09-02 - 公布日： 2021-05-25 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请公开获得细胞内确定性事件的方法及电子设备，所述方法包括：电子设备获得取自目标对象的被测样本的若干突变基因信息；以及所述电子设备依据所述若干突变基因信息，获得所述若干突变基因对预定基因组中的各个基因的表达活性的综合影响参数数据。
获得细胞内确定性事件方法电子设备

[发明专利]支持SIMD的序列比对方法及装置-CN201810216966.7有效
发明人：谭光明;张中海;牛钢;曾平 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2018-03-16 - 公布日： 2021-05-14 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供一种支持SIMD的序列比对方法，包括根据查询序列和参考序列的长度确定得分矩阵的行数和列数；根据指定的宽度值确定得分矩阵在行方向和列方向上的扩展区间；基于查询序列和参考序列的比对，确定得分矩阵在所述扩展区间内相应各元素的得分，同时将处于扩展区间之外的元素全部清零；然后根据所确定的得分矩阵获取查询序列相对于参考序列的局部最大相似片段。该方法能充分利用SIMD来提高序列比对的计算效率。
支持 simd 序列方法装置

[发明专利]数据挖掘方法及电子设备-CN201980001876.9在审
发明人：牛钢;季小阳;张中海;冯震东;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2019-06-28 - 公布日： 2021-03-26 - 主分类号： G06F11/36 文献下载
摘要：数据挖掘方法及电子设备，所述方法包括：获得与指定主题相关的文献实体数据库(S11)；基于所述文献实体数据库识别与所述主题精确相关的基因(S12)；以及基于所述文献实体数据库和与所述主题精确相关的基因进行数据挖掘(S13)。基于与指定主题相关的文献实体数据库识别与指定主题精确相关的基因，以与指定主题精确相关的基因作为数据挖掘的前提条件，这样，后续的数据挖掘具有生物学意义上的功能性和精确性，便于用户理解和使用挖掘获得的数据。
数据挖掘方法电子设备

[发明专利]基于spark平台的基因数据分析方法-CN201711291882.1有效
发明人：谭光明;张中海;牛钢;王炳琛;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2017-12-08 - 公布日： 2021-02-02 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供一种基于spark平台的基因数据分析方法。该方法包括：获取基因测序数据；利用spark平台将所获取的基因测序数据生成弹性分布式数据集RDD，其中，所述弹性分布式数据集RDD包括多个部分；对所述弹性分布式数据集RDD的每个部分执行与参考基因的比对，以生成包含比对结果的弹性分布式数据集RDD。根据本发明的方法，能够将基因数据分析算法通过spark平台来实现，从而提高基因数据分析的效率和灵活性。
基于 spark 平台基因数据分析方法

[发明专利]基因数据的编码方法-CN201710638656.X有效
发明人：谭光明;李旭;张强祖;王炳琛;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2017-07-31 - 公布日： 2021-02-02 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明提供一种基因数据的编码方法。该方法包括：对基因数据中AGCT字符及其原质量分数进行编码；基于预定的编码转换表对基因数据中除AGCT字符之外的特殊字符及其原质量分数进行编码，以获得编码之后的碱基序列和质量分数序列。根据本发明的编码方法，能够对基因数据中的碱基序列和质量分数序列进行压缩，从而节约存储空间并加快基因数据的处理速度。
基因数据编码方法

[发明专利]用于加速变异位点的识别的方法及系统-CN201710717876.1有效
发明人：张中海;李旭;徐俊韬;曾平;张春明 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2017-08-21 - 公布日： 2020-12-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种用于加速变异位点的识别的方法，其将参考基因组的各染色体划分为一个或多个区间，基于各区间的测序片段密度来设置各区间的处理优先级，并根据各区间的处理优先级来处理各区间中的测序片段，获取各区间中与每个位点的堆叠相关的统计数据，从而判断各位点是否发生变异。该方法将参考基因组划分成多个区间，可以在多个核上同时并行处理各区间的相关数据，能有效利用现有的多核计算资源并缩短计算时间。
用于加速变异识别方法系统

[发明专利]基因比对加速装置、方法及系统-CN202010442838.1在审
发明人：谭光明;王元戎;张中海 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2020-09-11 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基因比对并行加速装置，包括：一内存器件组，该内存器件组包括多个内存器件；该每一内存器件又包括多个区域，每一该区域包括：一存储层，用于存储基因序列以及read流数据；一逻辑层，用于对所述基因序列以及所述read流数据的缓存与处理；一内存控制器，用于控制所述存储层存储的所述基因序列以及所述read流数据的访问；以及一控制单元，用于封装底层协议，实现所述内存器件的内部通信；其中，所述逻辑层还包括一片上预取单元和一处理单元阵列，所述片上预取单元从所述存储层读取所述基因序列以及所述read流数据，供所述处理单元阵列处理。
基因加速装置方法系统

[发明专利]一种用于图像分析的高性能计算框架方法及系统-CN201611262967.2有效
发明人：谭光明;苑鲁峰 -专利权人： 北京哲源科技有限责任公司
申请日： 2016-12-30 - 公布日： 2020-06-19 - 主分类号： G06F9/48 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于图像分析的高性能计算框架系统，其中该框架系统包括：第一阶段模块，用于根据该细胞分割任务的设置和该计算节点的实际情况，组装符合该计算节点特点的第一图像处理流水线，执行细胞分割任务，生成单时间点细胞分割结果；第二阶段模块，用于根据该细胞追踪任务的设置和该计算节点的实际情况，组装符合该计算节点特点的第二图像处理流水线，对汇总的多个该细胞分割结果，执行细胞追踪任务，生成细胞追踪结果。本发明通过运用图像分析的高性能计算框架，根据具体图像处理任务的不同，灵活的搭建相对应的图像处理流水线，提高图像处理的吞吐率，加速图像处理的速度。
一种用于图像分析性能计算框架方法系统

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