本发明公开了一种转基因耐盐耐除草剂玉米SR801外源插入片段旁侧序列及其应用。本发明中转基因耐盐耐除草剂玉米SR801经重测序和特异性PCR技术鉴定了一个插入位点,以SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列为外源基因的左侧翼序列,以SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列为外源基因的右侧翼序列。本发明提供了用于检测该旁侧序列的引物对,引物序列分别如SEQ ID No:6‑7和SEQ ID No:8‑9所示的核苷酸序列。本发明的耐盐耐除草剂转基因玉米SR801外源插入片段旁侧序列的鉴定适用于对转基因玉米SR801包括亲本、杂种F1和后代,及其植株、组织、种子及其制品的检测。