本发明公开了一种黄瓜根重调控基因连锁的Indel标记及其应用：所述InDel标记在黄瓜第3号染色体上，对于重根系显性纯合材料，其具有SEQ ID NO.1所示的特征序列，即在88‑99位处具有AAAATATGTCTT序列；对于轻根系隐性纯合材料，其具有SEQ ID NO.2所示的特征序列；对于重根系显性杂合材料，其同时具有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的特征序列。采用本发明获得的Indel标记，可以在黄瓜候选材料的任何阶段对其进行根系强弱的判断，具有高效、限制少的优点，为选育强根系黄瓜品种提高了效率，缩短了育种周期。
本发明提供了一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记及其应用，属于分子标记技术领域。一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述SEQ ID NO:1的第45位碱基存在C/G多态性。以幼苗耐寒自交系CG104和幼苗低温敏感自交系CG37为材料开发SNP标记，所述SNP在123份F2群体材料中有102份材料的带型与田间调查结果一致，正确率为83.0％，同时对68份自然群体材料的基因型数据与表型数据进行验证，获得较高的鉴定正确率。通过本发明提供的SNP分子标记可以在黄瓜候选材料对其进行耐寒的筛选，具有高效、限制少、准确的优点。
