本发明公开了一种调控植物种子萌发与幼苗生长的基因及其编码蛋白与应用。本发明的发明人从普通烟草(Nicotiana tabacum)栽培品种中烟100中鉴定获得NtCIPK23基因,所述NtCIPK23基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,并通过转基因技术证明过量表达NtCIPK23能够加快烟草种子萌发速率、促进幼苗生长,敲除该基因则延缓幼苗萌发速率,抑制幼苗生长。利用本发明,可通过调节CIPK23的表达水平控制植物种子的萌发速率和出土整齐度,采用基因工程手段获得CIPK23基因适度表达、出土率一致的转基因作物。本发明符合可持续发展农业要求,对于培育早生快发、出土整齐的经济作物等具有重要的实用价值和市场前景。