本发明提出了一种靶向敲低GNAQ和GNA11基因的sgRNA组合、敲低方法及其应用;所述sgRNA组合包括GNAQ‑sgRNA和GNA11‑sgRNAs,GNAQ‑sgRNA的靶向序列如SEQ ID NO:2所示;GNA11‑sgRNAs的靶向序列如SEQ ID NO:6‑7所示。本发明利用CRISPR‑Cas9系统针对HEK293细胞设计了特异性强、脱靶率低的sgRNA,从而实现了GNAQ和GNA11基因的靶向突变,效果完整,为研究GNAQ和GNA11基因的功能及与其相关的肿瘤调控机制或通路的提供了理想的细胞模型。