本发明公开了与小麦抗条锈病基因QYr.sicau.‑2BL连锁的SNP分子标记及应用,属于分子育种技术领域。所述SNP分子标记利用如SEQ ID NO.1~3所示特异性引物组扩增得到;所述SNP分子标记与小麦抗条锈病QTL QYr.sicau.‑2BL共定位于小麦2B染色体长臂上,多态性为T/C。该分子标记能准确跟踪所述小麦抗条锈病基因QYr.sicau‑2BL,预测小麦的抗条锈病特性,进而方便进行分子设计育种。本发明还提供鉴定小麦抗条锈病的方法,能够加强抗条锈病预测的准确性,便于快速筛选出抗条锈病的小麦品种或品系,大大加快小麦高产量品种的选育进程。