本发明公开了与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离的InDel分子标记及其应用，属于蔬菜分子标记辅助育种领域。该InDel分子标记包括序列如SEQ IDNO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物。该InDel分子标记在黄瓜分子标记辅助育种过程中与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离，该标记扩增的杂合带型对应为温度敏感型长下胚轴类型植株。通过InDel分子标记对黄瓜植株在苗期进行基因分型，依据分型结果对各单株高温下下胚轴长度进行预判，即可在苗期进行分子标记辅助选择来提高育种效率。
本发明公开了与黄瓜果实长短基因共分离的dCAPS分子标记及其应用，属于蔬菜分子标记辅助育种领域。该dCAPS分子标记包括序列如SEQ ID NO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物，或还包括PstI内切酶。该dCAPS分子标记在黄瓜分子标记辅助育种过程中与黄瓜果实长短基因共分离，即群体的长果、短果单株表型分别和dCAPS分子标记扩增的长、短果亲本带型一致，该标记扩增的杂合带型对应为长果型植株。通过dCAPS分子标记对植株在苗期进行基因分型，依据分型结果对各单株果实长短进行预判，即可在苗期进行分子标记辅助育种以提高育种效率。
本发明公开了与黄瓜白粉病抗病和感病主效基因共分离的InDel分子标记及其应用，该InDel分子标记命名为InDel‑PHO1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗病基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期白粉病抗病单株的辅助筛选，为白粉病抗病性的分子标记辅助育种奠定基础，大大加快黄瓜白粉病抗病分子育种进程。
本发明公开了一种检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记及其应用，属于植物生物技术和分子育种领域。通过比对不同黄瓜材料中CsPsy1基因序列发现CsPsy1基因起始密码子上游第27核苷酸处在不同材料间有一个单核苷酸差异，根据此处的核苷酸差异设计得到一个基于PCR和酶切技术的分子标记SNP‑CsPsy1，其由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成，两者之间有一个T/C的单核苷酸差异。本发明中检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记具有高稳定性，可以快速、高通量的在黄瓜候选材料的任何阶段对CsPsy1基因的SNP位点进行检测，应用于黄瓜分子标记辅助育种实践。
本发明涉及与黄瓜无限生长型基因共分离的分子标记Indel‑de2。分子标记Indel‑de2具有序列表SEQ ID NO.1中的1492个核苷酸序列片段，以及序列表SEQ ID NO.2中的189个核苷酸序列片段，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与无限生长型基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与有限生长型基因共分离。该分析标记由ME3所示的上游引物和EM4所示的下游引物扩增得到。ME3:5’‑CCTCTCGATCCCAACACCAC‑3’，EM4：5’‑CAGGCAGGCAAGTTTTGGAC‑3’。该分子标记Indel‑de2具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜有限生长型/无限生长型类型的筛选。
本发明涉及与黄瓜无限生长型基因共分离的分子标记Indel‑De3。分子标记Indel‑De3具有序列表SEQ ID NO.1中的1373个核苷酸序列片段，以及序列表SEQ ID NO.2中的772个核苷酸序列片段，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与无限生长型基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与有限生长型基因共分离。该分析标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物扩增得到。ME5:5’‑CCTCTCGATCCCAACACCAC‑3’，EM6：5’‑CAGGCAGGCAAGTTTTGGAC‑3’。该分子标记Indel‑De3具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜有限生长型/无限生长型类型的筛选。
本发明涉及一个与黄瓜ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym2，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明涉及一个与ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明提供了一个与黄瓜白粉病抗性主效QTL共分离的SSR分子标记，命名为SSR‑N2。SSR‑N2的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明的SSR分子标记具有高稳定性，可以简便、快速地应用于黄瓜苗期白粉病抗性单株的辅助筛选，为白粉病抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜白粉病抗性分子育种的进程。同时，这个共分离的分子标记也为黄瓜白粉病抗性主效QTL的克隆奠定基础。
