本发明公开了一种适于畜禽粪污和秸秆发酵的微生物复合菌剂及其制备方法,该微生物复合菌剂中的菌由以下菌组成:所述细长赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus macroides)的DNA基因序列如SEQ ID NO.1所示。所述芽孢杆菌(Bacillus sp)的DNA基因序列如SEQ ID NO.2所示。所述短芽孢杆菌(Brevibacillus sp)的DNA基因序列如SEQ ID NO.3所示。本发明的微生物复合菌剂的菌株来源于秸秆堆肥自然发酵过程中的高温优势菌群,经长期筛选、驯化,可以有效地促进以秸秆和畜禽粪污为主要原料的有机肥发酵生产过程,提高有机肥的生产效率和肥效,同时提高秸秆、粪污的无害化处理效果。