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[发明专利]生物分析项目的建立系统、方法、存储介质、及电子设备-CN201810929972.7有效
发明人：赵建华;丁赟;罗春 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2018-08-15 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提供生物分析项目的建立系统、方法、存储介质、及电子设备。其中，所述建立方法包括：从生物信息分析管理系统中读取各分析项目的分析任务单；从服务器中调取各所述分析任务单所需要的生物学数据；在云平台或所述服务器上为每个所述分析任务单分别建立分析项目及分析任务，并将各所述生物学数据分别上传至对应的分析项目下，以供分析。本发明通过程序自动化执行分析项目的建立流程，极大地解放了人力资源，改变了现有的纯手动建立分析项目的繁琐操作方式，同时，避免了人为原因所导致的分析项目的建立出现遗漏或偏差的不足，有助于提高客户分析项目结果的准确性。
生物分析项目建立系统方法存储介质电子设备

[发明专利]一种适用于混池基因定位的方法及系统-CN201910811291.5有效
发明人：黄龙 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-08-30 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于混池基因定位的方法及系统，所述方法包括：标记过滤，基于预设标记质量信息，对分子标记数据进行过滤，获取符合预设质量要求的分子标记数据；统计计算，根据群体情况，对过滤后获取的分子标记数据进行统计计算，获得统计信息；结果整理，对获得的统计信息进行整理，提取基因信息。相比于传统的BSA方法，本发明的方案增加了定位的使用群体范围，能够对F1，F2和其他群体进行定位；且本发明的方案增加了关于分子标记的提前过滤，减少了冗余信息的残留，提高了分析效率。此外，相比于传统的BSA单线程分析方法，本发明通过利用HPC技术，分析速度更快。
一种适用于基因定位方法系统

[发明专利]一种提取粪便微生物RNA的试剂盒及其应用-CN202310461633.1在审
发明人：李桃;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-04-26 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种提取粪便微生物RNA的试剂盒及其应用。所述试剂盒包括裂解缓冲液、杂质去除液和酸性单相缓冲液，所述裂解缓冲液含有十六烷基三甲基溴化铵和十二烷基硫酸钠，所述杂质去除液含有苯酚、氯仿和异戊醇，所述酸性单相缓冲液含有胍盐、缓冲盐、N‑月桂基氨酸、2‑巯基乙醇和苯酚。本发明利用CTAB与SDS协同处理，实现最大程度破坏不同类型的细菌、真菌及其他微生物的细胞壁与膜结构，高效释放核酸，通过苯酚/氯仿/异戊醇混合物和酸性单相缓冲液，去除杂质并有效分离DNA和RNA，无需使用酶处理，即可获得完整性高和质量高的粪便样本RNA。
一种提取粪便微生物 rna 试剂盒及其应用

[发明专利]一种用于提取原核生物总RNA的裂解缓冲液及其应用-CN202310352718.6在审
发明人：李桃;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-04-04 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于提取原核生物总RNA的裂解缓冲液及其应用，所述裂解缓冲液中包括以下组分：Tris‑HCl、EDTA、SDS、氯化钠、胍盐和TritonX‑100。所述裂解缓冲液中包含胍盐等离液剂与SDS等表面活性剂，能够促进核蛋白体的解体，使细菌核酸内切酶灭活，使释放的核酸不会被降解，达到一步裂解释放核酸的目的。所述裂解缓冲液成分简单，裂解效果好，有利于原核生物菌体中RNA的释放。本发明还提供了一种基于磁珠法提取原核生物总RNA的方法，可实现人工操作和半自动化化操作，便于集成多种自动化核酸提取仪。最大程度简化了实验操作步骤，满足核酸提取速度、通量和核酸质量要求。
一种用于提取生物 rna 裂解缓冲液及其应用

[发明专利]一种单细胞转录组与TCR和BCR测序数据的整合分析方法-CN202310470734.5在审
发明人：李丽翠;董亚晨;朱彤 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-04-27 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组与TCR和BCR测序数据的整合分析方法。建立单细胞转录组+TCR/BCR测序数据联合分析的生物信息学分析流程，可直接通过一套流程，同时进行单细胞转录组数据分析和免疫组库数据分析，并将两组学数据联合分析，获得转录组数据不同T/B细胞的免疫组库特征。
一种单细胞转录 tcr bcr 序数整合分析方法

[发明专利]一种TMT项目图谱解析和数据分析的方法及系统-CN202310273691.1有效
发明人：杨兵;黄齐天;冯利兴;封一统;韩继臣 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-21 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G06F16/901 文献下载
摘要：本发明公开了一种TMT项目图谱解析和数据分析的方法，目的是解决传统基于人工手动进行谱图解析和数据分析效率低下、项目交付周期长的问题。该方法包括以下步骤：项目列表文件解析，项目解析文件准备，谱图自动解析，项目数据自动分析，结果导出保存。采用本发明，可实现对多个TMT项目自动进行谱图解析和数据分析，可以避免分析人员重复劳动，节省了人力成本，提升了项目交付效率。本发明还公开了实现上述方法的系统及上述方法在TMT项目图谱解析和数据分析中的应用。
一种 tmt 项目图谱解析数据分析方法系统

[发明专利]一种从核酸溶液中分离DNA和RNA的方法及试剂组合-CN202310234249.8在审
发明人：李桃;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-13 - 公布日： 2023-05-26 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种从核酸溶液中分离DNA和RNA的方法及试剂组合。所述方法包括：将待分离核酸溶液与硅藻土和离液盐缓冲液混合，进行固液分离，收集上清液和沉淀，待分离核酸溶液中的RNA被分离到所述上清液中，待分离核酸溶液中的DNA被分离到所述沉淀中。本发明协同利用硅藻土和离液盐促进核酸溶液中DNA和RNA分离，重新分配至固、液两相，以便于进行分离纯化，能够适用于动物、植物和细菌等生物样本的核酸溶液中分别获得单一核酸溶液，操作简单、成本低，不影响核酸的完整性，获得较高质量DNA和RNA，适合于PCR和高通量测序，对于核酸研究领域具有重要意义。
一种核酸溶液分离 dna rna 方法试剂组合

[发明专利]一种提取土壤宏基因组DNA的方法及其应用-CN202310259870.X在审
发明人：梁婷婷;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-17 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种提取土壤宏基因组DNA的方法及其应用。所述方法包括：将土壤样品与提取缓冲液、溶菌酶混合孵育，再与蛋白酶K、裂解液A和裂解液B混合，加热孵育，离心获取上清液，将所述上清液与沉淀液混合，再次离心获取最终上清液，进行除杂纯化处理，得到DNA；所述沉淀液含有醋酸盐和氯化钠。本发明的方法提取获得的DNA满足三代测序平台对DNA质量的要求，该方法提取的DNA可以获得较多大片段、纯度和核酸总量都较高，此方法具有成本低、步骤简单、安全高效等优点，适合大规模的推广和应用。
一种提取土壤宏基 dna 方法及其应用

[发明专利]一种高效提取活性污泥、粪便中宏基因组高质量DNA的方法-CN202310191392.3在审
发明人：梁婷婷;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-02 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本申请涉及生物技术领域，具体涉及一种高效提取活性污泥、粪便中宏基因组高质量DNA的方法。本发明提供了一种效提取活性污泥、粪便中宏基因组高质量DNA的方法，酶解法结合化学裂解法，较为温和地进行细胞裂解，保证了DNA分子大片段的含量，提取的DNA纯度高、完整性好、总量高，满足三代测序平台要求DNA分子的要求。
一种高效提取活性污泥粪便宏基质量 dna 方法

[发明专利]一种提取植物DNA的方法-CN202310226741.0在审
发明人：梁婷婷;董亚晨 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-10 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种提取植物DNA的方法。所述方法包括：将研磨后的植物组织样品与裂解缓冲液混合，加热孵育，离心获取上清液，将所述上清液与沉淀液混合低温处理，再次离心获取最终上清液，进行分离纯化处理，得到DNA，所述裂解缓冲液含有：醋酸盐、乙二胺四乙酸二钠、十二烷基硫酸钠、聚乙烯吡咯烷酮和氯化钠。本发明的方法提取获得的DNA满足三代测序平台对DNA质量的要求，该方法提取的DNA可以获得较多大片段、纯度和核酸总量都较高，此方法具有成本低、步骤简单、安全高效等优点，适合大规模的推广和应用。
一种提取植物 dna 方法

[发明专利]一种基于磁珠法快速提取植物组织总RNA的方法-CN202310191557.7在审
发明人：李桃;董亚晨;陈晓翠 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-02 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本申请涉及RNA提取技术领域，具体涉及一种基于磁珠法快速提取植物组织总RNA的方法。本申请能够适用于根、茎、叶、花、果实等植物组织总RNA提取，可以通过较为简单快速的实验过程，获得较高质量的样本总RNA，适合于定量PCR和转录组测序，具有较大的应用价值。
一种基于磁珠法快速提取植物组织 rna 方法

[发明专利]一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统-CN201910798281.2有效
发明人：田彩霞;董亚晨;刘露露 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统，包括：对变异检测获得的VCF文件进行标记过滤；根据标记过滤后所得的变异位点在参考基因组中的位置信息，提取引物设计的任务序列，并基于提取的任务序列结合设定的引物设计参数，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件；使用选定的引物设计软件，根据输入文件进行引物设计；对选定的引物设计软件完成引物设计后的输出文件，按照预设格式要求进行格式整理，生成最终所需的结果文件。本发明可解决基于有参考基因组的变异检测分析所获得的大量SNP和Indel标记的引物设计问题，实现大批量引物设计的一键化，流程速度快，结果归纳明晰，大幅度提升了分析效率。
一种快速批量 snp indel 引物设计方法系统

[发明专利]一种大数据可视化图表插件的实现方法及系统-CN201911252191.X有效
发明人：余果;韩畅;任一;宣红东;曾静;赵彬彬;刘闻天 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-12-09 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明提供一种大数据可视化图表插件的实现方法及系统，包括：接收用户输入的自定义参数配置指令，参数配置指令指传递给图表插件的自定义参数或全局默认配置参数；接受自定义参数或采用默认配置参数创建初始化配置文件、工具栏、主题、视觉映射及整体布局，并定义数据结构；依据传入的数据，基于底层样式库和图形库的自由组合，进行图片及图中元素的绘制；将用户的图片编辑行为与交互事件对应并与图中绘制元素一一绑定。本发明可满足生物学领域用户对于可视化呈现的特殊性、多变性、多样化及数据量大的需求，降低了开发人员应对多变需求的开发复杂性。用户可快速获取可用于专业期刊发表的可视化呈现，并可利用本发明快速优化呈现细节。
一种数据可视化图表插件实现方法系统

[发明专利]一键化完成多场景菌种鉴定的工作方法及系统-CN201910797146.6有效
发明人：丁赟;赵建华;罗春 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种一键化完成多场景菌种鉴定的工作方法及系统，该方法包括：从常规测序系统获取生产订单下各样品信息及sanger测序结果；在服务器上，通过预设软件对各样品的sanger测序结果进行色谱信号转化、碱基修剪、序列组装，得到各样品的contig序列；利用预设的序列比对工具，将所得的各样品的contig序列批量与本地预设的能够获取序列对应物种信息的数据库进行比对；基于所得的比对结果，获取各样品物种信息；基于所获取的各样品物种信息，根据高通量生产系统中各客户送样订单下的样品制备任务单，汇总菌种鉴定结果。本发明的技术方案可一键化完成多场景菌种鉴定工作，并提高了菌种鉴定的工作效率及其结果的准确度。
一键化完成场景菌种鉴定工作方法系统

[发明专利]基于转录组测序数据的非编码circRNA生物信息分析方法、装置、终端及介质-CN202210945840.X在审
发明人：骆孟;赵建华;马佳文;杨万云 -专利权人： 上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2022-08-08 - 公布日： 2022-11-01 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请提供基于转录组测序数据的非编码circRNA生物信息分析方法、装置、终端及介质，本发明通过结合多款circRNA鉴定软件，提供多种方法选择的尝试，避免了单纯使用一款circRNA鉴定软件带来的的假阳性，使得具有多款软件鉴定支持的结果更为可靠；此外为个别实验中可能存在鉴定circRNA过少，提供了更多选择。除此之外，本发明还增加其他有意义性的个性化分析，具体包括差异表达分析、表达模式聚类以及host基因功能富集分析，使得针对circRNA分析的流程更加全面、完善。
基于转录序数编码 circrna 生物信息分析方法装置终端介质

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