本发明提供了一株耐酸长双歧杆菌JDY1017dpH及其应用。长双歧杆菌JDY1017dpH的16S rRNA基因部分核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,保藏号为CGMCC No.8371。本发明的长双歧杆菌JDY1017dpH的获得,是从健康青年人粪便中分离并在pH3.5酸性条件下进一步筛选得到的菌种。发酵培养过程是,于BL液体培养基(含0.05%半胱氨酸盐酸盐)中37℃厌氧培养24h。本发明的长双歧杆菌JDY1017dpH对酸的耐受性能显著优于普通菌株,且耐酸性能具有遗传稳定性,具有与普通菌株不同的细胞膜脂肪酸含量百分比,平均碳链长度显著长于普通菌株,细胞膜流动性显著低于普通菌株。可用于日常发酵食品、保健食品和药品的生产领域中。