[发明专利]分子序列的比对方法、装置、电子设备、存储介质及产品

说明书

本申请提供了一种分子序列的比对方法、装置、电子设备、计算机可读存储介质及计算机程序产品，包括：获取包括第一分子序列及第二分子序列的分子序列对，分子序列对中的每一个分子序列由多个单位分子组合而成；对第一分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第一字符序列，并对第二分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第二字符序列；其中，第一字符序列及第二字符序列均由多个单位字符组合而成，单位字符与单位分子存在对应关系；将第一字符序列的字符与第二字符序列的字符进行字符比对，得到比对结果，比对结果用于指示，将第一字符序列转化为第二字符序列所需执行的目标操作的数量。如此，能够提高分子序列的比对效率。

技术领域

本申请涉及计算机技术领域，尤其涉及一种分子序列的比对方法、装置、电子设备、计算机可读存储介质及计算机程序产品。

背景技术

相关技术中的DNA序列比对方法主要为全局比对(needleman-wunsch)算法以及局部比对(smith-waterman)算法。对于全局对比算法，即查询序列与目标序列都是从头到尾的全部碱基进行比对，该算法在早期的蛋白序列比对中应用广泛，但是随着生物序列越来越多，越来越长，研究人员发现功能相关的蛋白之间虽然整体的序列相差甚远，但是常常具有相同的功能域，因此，仅利用全局对比算法进行DNA序列的比对则导致比对效率较低；而对于局部对比算法，求的是局部最优匹配序列，需要通过回溯实现，在长序列的场景下对该内存消耗要求较高，也并不适用。基于此，相关技术中的DNA序列的比对效率较低。

发明内容

本申请实施例提供一种分子序列的比对方法、装置、电子设备、计算机可读存储介质及计算机程序产品，能够提高分子序列的比对效率。

本申请实施例的技术方案是这样实现的：

本申请实施例提供一种分子序列的比对方法，所述方法包括：

获取包括第一分子序列及第二分子序列的分子序列对，所述分子序列对中的每一个分子序列由多个单位分子组合而成；

对所述第一分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第一字符序列，并对所述第二分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第二字符序列；

其中，所述第一字符序列及所述第二字符序列均由多个单位字符组合而成，所述单位字符与所述单位分子存在对应关系；

将所述第一字符序列的字符与所述第二字符序列的字符进行字符比对，得到比对结果，所述比对结果用于指示，将所述第一字符序列转化为第二字符序列所需执行的目标操作的数量。

本申请实施例提供一种分子序列的比对装置，所述装置包括：

获取模块，用于获取包括第一分子序列及第二分子序列的分子序列对，所述分子序列对中的每一个分子序列由多个单位分子组合而成；

转化模块，用于对所述第一分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第一字符序列，并对所述第二分子序列中各单位分子分别进行字符转化，得到第二字符序列；其中，所述第一字符序列及所述第二字符序列均由多个单位字符组合而成，所述单位字符与所述单位分子存在对应关系；

比对模块，用于将所述第一字符序列的字符与所述第二字符序列的字符进行字符比对，得到比对结果，所述比对结果用于指示，将所述第一字符序列转化为第二字符序列所需执行的目标操作的数量。

在上述方案中，所述比对模块，还用于遍历i分别执行以下处理：针对所述第一字符序列中的前i个单位字符，将所述前i个单位字符分别与所述第二字符序列中前j个单位字符进行匹配，得到匹配结果；其中，i和j为自然数，0≤i≤M，0≤j≤N，M用于指示所述第一字符序列中所述单位字符的总数量，N用于指示所述第二字符序列中所述单位字符的总数量；基于所述匹配结果，获取将所述第一字符序列转化为第二字符序列所需执行的目标操作的数量。

在上述方案中，所述比对模块，还用于遍历i以执行以下处理：针对所述第一字符序列中的第i个单位字符，遍历j，将所述第i个单位字符，分别与遍历得到的所述第二字符序列中第j个单位字符进行匹配，得到匹配结果。