[发明专利]虚拟筛选配位抑制剂的方法、装置、设备和计算机可读存储介质

权利要求书

1.一种虚拟筛选配位抑制剂的方法，其特征在于，包括：

获取包含配位弹头集中的至少一个配位弹头的多个候选配体分子；

将所述多个候选配体分子分别与靶标蛋白进行分子对接，获取所述多个候选配体分子分别与所述靶标蛋白分子对接后的多个分子构象；

根据所述多个分子构象中的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的距离，从所述多个分子构象中筛选出第一分子构象集；

根据第一结合自由能计算方法获取所述第一分子构象集中的各分子构象与所述靶标蛋白对接后的第一结合自由能；

根据所述第一结合自由能从所述第一分子构象集中筛选出第二分子构象集；

从所述第二分子构象集中筛选出第二结合自由能满足第一预设条件和/或配位能量满足第二预设条件的目标分子构象组成第三分子构象集；

根据所述第三分子构象集确定配位抑制剂；

其中，所述第二结合自由能是根据第二结合自由能计算方法计算得到与所述靶标蛋白对接后的所述目标分子构象的结合自由能；

其中，所述配位能量是根据预设配位能量计算方法计算得到所述目标分子构象的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的配位能量。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述多个分子构象中的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的距离，从所述多个分子构象中筛选出第一分子构象集，包括：

将所述多个分子构象中配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的距离小于距离阈值的候选配体分子的分子构象筛出组成所述第一分子构象集。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第二结合自由能计算方法的计算精度高于所述第一结合自由能计算方法的计算精度，且所述第一结合自由能计算方法的计算速度高于所述第二结合自由能计算方法的计算速度；和/或

所述预设配位能量计算方法为量子力学方法。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述根据预设配位能量计算方法计算得到所述目标分子构象的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的配位能量，包括：

根据以下公式计算所述目标分子构象的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的配位能量：

配位能量＝G(第一复合物)–G(第一配位中心)-G(第一配位弹头)；

其中，G(X)表示X的自由能；

其中，X为所述第一复合物时，是所述目标分子构象的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心形成的复合物；

其中，X为所述第一配位弹头时，是所述目标分子构象的配位弹头；

其中，X为所述第一配位中心时，是所述靶标蛋白的配位中心。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述根据预设配位能量计算方法计算得到所述目标分子构象的配位弹头与所述靶标蛋白的配位中心的配位能量，还包括：

根据所述X所对应的H、T、S以及G(X)＝H-TS计算得到G(X)：

其中，H＝E+k_BT，和

其中，H为晗，T为温度，S为熵，k_B为玻尔兹曼常数，为哈密顿算符，E为总能量，分别为动能算符、势能算符、电子-电子相互作用能算符，h²为约化普朗克常数，m_i为粒子i质量，r_i为粒子i位置，Ψ为体系波函数。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第二结合自由能计算方法是自由能微扰方法或者基于热力学积分方法。