[发明专利]一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法及其系统

说明书

本发明公开了一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法、系统、设备和计算机可读存储介质，方法其包括：获取待测样本的测序数据；将所述待测样本的测序数据输入到构建好的分类模型，得到DDR‑silent亚型和非DDR‑silent亚型的分类结果；基于所述DDR‑silent亚型的分类结果给出是否给予anti‑PD‑1抗体+anti‑GITR促进剂/anti‑BTLA抑制剂的治疗方案。本申请利用待测样本的测序数据将待测样本分为DDR‑silent亚型和非DDR‑silent亚型的两种分类结果，再根据DDR‑silent亚型的分类结果给出PD‑1阻断联合GITR触发或BTLA阻断的联合治疗策略，并验证了组合免疫治疗策略的有效性。

技术领域

本发明涉及数据分析领域，更具体地，涉及一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法及其系统。

背景技术

食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是威胁人类健康的恶性肿瘤。ESCC患者的五年生存率在发达国家低于20％，在许多发展中国家低于5％。值得注意的是，一些原发性食管癌患者在食管切除术后往往会迅速复发，这些患者的预后仍然很差。迄今为止，没有精确的分子生物标志物可以预测这些原发性ESCC患者的发展，导致临床管理不足。因此，迫切需要确定原发性ESCC的新的预后生物标志物。

多种协同修复机制可以快速且适当修复正常细胞中的DNA损伤；DNA双链断裂主要通过同源重组(HR)和非同源末端连接(NHEJ)修复，DNA单链断裂主要通过错配修复(MMR)和核苷酸切除修复途径(NER)修复。DNA损伤修复(DDR)缺陷会导致DNA损伤和基因组不稳定性的积累、新抗原的产生和免疫检查点的表达上调，最终改变肿瘤微环境(TME)中的免疫平衡。有趣的是，DDR缺乏通过影响抗原性、佐剂性和反应性而成为抗肿瘤免疫应答的重要决定因素，这可能有助于免疫疗法的应答。最近的研究揭示了一些基于DDR的生物标记物在预测免疫治疗反应方面的潜力；然而，DDR相关特征对预后评估和个体化免疫治疗的价值尚未完全阐明。因此，揭示肿瘤DDR途径的变化与预后之间的关联，并基于DDR特异性特征进行个体化免疫治疗的方案至关重要。

ESCC的治疗通常涉及多种方式，包括手术、放疗和化疗。最近，免疫检查点抑制剂(如抗PD-1)对晚期和转移性ESCC产生了显著的生存益处。对于原发性食管癌，食管切除术后的化学放疗或辅助化疗是主要的治疗方式；然而，许多患者天生对上述常规治疗有抵抗力，临床疗效有限。迄今为止，还没有免疫疗法被批准用于原发性ESCC的治疗。因此，迫切需要全面了解免疫微环境，为原发性ESCC患者开发最佳的免疫治疗方法。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提供了一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法，利用待测样本的测序数据将待测样本分为DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型的两种分类结果，再根据DDR-silent亚型的分类结果给出PD-1阻断联合GITR触发或BTLA阻断的联合治疗策略，并验证了组合免疫治疗策略的有效性。本发明方法还通过对测序数据的分析，得到了两个独立的预后预测基因，实现对原发性ESCC待测样本的分类，有效改善原发性ESCC患者的预后。

本申请第一方面公开一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法，包括：

获取待测样本的测序数据；

将所述待测样本的测序数据输入到构建好的分类模型，得到DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型的分类结果；

基于所述DDR-silent亚型的分类结果给出是否给予anti-PD-1抗体+anti-GITR促进剂/anti-BTLA抑制剂的治疗方案。

本申请第二方面公开一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法，包括：

获取待测样本的测序数据；