[发明专利]一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法及其系统

权利要求书

1.一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法，包括：

获取待测样本的测序数据；

将所述待测样本的测序数据输入到构建好的分类模型，得到DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型的分类结果；

基于所述DDR-silent亚型的分类结果给出是否给予anti-PD-1抗体+anti-GITR促进剂/anti-BTLA抑制剂的治疗方案。

2.一种食管鳞状细胞癌数据的处理方法，包括：

获取待测样本的测序数据；

基于所述待测样本的测序数据的基因表达数据，得到DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型的分类结果，所述基因表达数据包括下列一种或几种基因的表达量：HFM1、BRCA1；

基于所述DDR-silent的分类结果给出是否给予anti-PD-1抗体+anti-GITR促进剂/anti-BTLA抑制剂的治疗方案；

可选的，所述DDR-silent亚型的分类结果对应HFM1基因表达量高。

3.根据权利要求1或2所述的食管鳞状细胞癌数据的处理方法，其特征在于，所述待测样本的测序数据为原发性ESCC患者的RNA-seq数据；

可选的，所述anti-PD-1抗体包括：InVivoMabanti-mouse PD-1；所述anti-PD-1抗体优选为clone RMP1-14；

可选的，所述anti-GITR促进剂包括：InVivoMAbanti-mouse GITR；所述anti-GITR促进剂优选为clone DTA-1；GITR作为共刺激受体，成为增强免疫治疗的潜在靶点，GITR对T细胞的激活起着关键作用，GITR的活性通过协同作用增强其他抗癌疗法；

可选的，所述anti-BTLA抑制剂包括：InVivoMAbanti-mouse BTLA；所述anti-BTLA抑制剂优选为clone 6A6；BTLA作为供抑制受体，配体为疱疹病毒侵入介质。

4.根据权利要求1或2所述的食管鳞状细胞癌数据的处理方法，其特征在于，所述DDR-silent亚型的分类结果的T细胞亚群中BTLA和PD-1均高表达、和/或GITR低表达和PD-1高表达。

5.根据权利要求1所述的食管鳞状细胞癌数据的处理方法，其特征在于，所述分类模型的构建方法包括：

获取训练集样本的测序数据及样本对应的生存期情况；

从所述训练集样本的测序数据中提取与生存率相关的通路及其基因表达情况；基于生存期情况对训练集样本进行聚类分析，得到DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型两组分类及表征每组分类的通路及其基因表达情况，得到所述分类模型；

可选的，所述与生存率相关的通路包括以下一种或几种：MMR通路、NER通路、FA通路和NHEJ通路。

6.根据权利要求5所述的食管鳞状细胞癌数据的处理方法，其特征在于，所述构建方法还包括：基于所述与生存率相关的通路的基因表达情况，利用单变量回归分析方法得到与生存结果相关的DDR基因集和对应基因表达情况；利用多变量分析方法对所述与生存结果相关的DDR基因集和对应基因表达情况进行处理，得到预后预测基因和预后预测基因的基因表达情况；

基于生存期情况对所述训练集样本进行聚类分析，得到DDR-silent亚型和非DDR-silent亚型两组分类及表征每组分类的预后预测基因及其基因表达情况，得到分类模型。

7.根据权利要求5所述的食管鳞状细胞癌数据的处理方法，其特征在于，所述聚类分析的方法为：一致性聚类算法；

可选的，所述训练集样本的测序数据包括：原发性ESCC肿瘤组织样本和转移性ESCC肿瘤组织样本的RNA-seq数据。