[发明专利]头颈部鳞状细胞癌预后诊断的生物标志物及其筛选方法和应用

权利要求书

1.头颈部鳞状细胞癌预后诊断的生物标志物，其特征在于，包括靶基因HMMR、CDC25C和PCLAF中的一种或几种。

2.根据权利要求1所述的生物标志物，其特征在于，还包括靶基因HMMR中cg15122828和cg20554926位点的高甲基化、靶基因CDC25C中cg12519992位点的高甲基化以及靶基因PCLAF中cg26155739位点的低甲基化。

3.检测权利要求1或2所述的生物标志物的试剂在制备头颈部鳞状细胞癌预后检测试剂中的应用。

4.权利要求1或2所述的生物标志物的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)从HNSCC筛选数据集中筛选肿瘤样本和健康样本的差异表达基因；

2)用步骤1)筛选获得的差异表达基因来构建加权基因共表达网络；

3)对识别到的加权基因共表达网络中的重要模块进行功能注释；

4)根据功能注释结果，筛选排名前20的富集通路中的基因作为候选关键基因，对候选关键基因进行生存相关性分析，筛选与生存相关的基因为关键基因；

5)分析所述关键基因的免疫细胞浸润评分与表达水平之间的关系，以免疫细胞浸润评分与关键基因表达水平显著相关的基因为靶基因；

6)用验证数据集对所述靶基因进行验证，验证无误的靶基因为生物标志物。

5.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤1)所述HNSCC筛选数据集来自TCGA数据库；所述差异表达基因筛选使用“DESeq2”R包进行，筛选差异表达基因的阈值如下：|log2FC|1并且校正后的P0.05。

6.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，所述加权基因共表达网络使用R包中的“WGCNA”包进行，具体步骤如下：

S1)使用“WGCNA”包中的“hclust”对样本进行聚类并删除异常值，确定软阈值β＝4，无标度R²＝0.94；

S2)将邻接矩阵转换为拓扑重叠矩阵；

S3)对所述拓扑重叠矩阵进行分层聚类以识别重要的模块，每个模块包含至少30个基因，并对相似的模块进行合并。

7.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤4)中所述生存相关性分析采用R包中的“Survival”进行。

8.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤5)所述的关键基因的免疫细胞浸润评分与表达水平之间的关系的分析采用在线工具TIMER进行。

9.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，步骤6)所述验证数据集为来源于GEO数据库的GSE41613数据集。