[发明专利]一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型在审
申请号: | 202211221016.6 | 申请日: | 2022-10-08 |
公开(公告)号: | CN115394377A | 公开(公告)日: | 2022-11-25 |
发明(设计)人: | 赵卫中;叶胜威 | 申请(专利权)人: | 华中师范大学 |
主分类号: | G16C20/50 | 分类号: | G16C20/50;G06N3/08;G06N3/04 |
代理公司: | 南京晟源知识产权代理事务所(普通合伙) 32704 | 代理人: | 谢艳萍 |
地址: | 430079 湖北省武*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 任务 学习 图卷 网络 药物 定位 模型 | ||
1.一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型,其特征在于,包括以下模块:
输入模块:通过结合药物、miRNA、蛋白质和疾病之间的复杂关联来构建异质信息网络(HIN);
图表示学习模块:通过堆叠带有残差连接和层级注意力机制的图卷积网络层来学习HIN中节点的表示;
多任务预测模块:利用四个预测任务,包括两个与药物相关的预测任务,即药物-miRNA关联预测,药物-蛋白质关联预测;两个与疾病相关的预测任务,即miRNA-疾病关联预测,蛋白质-疾病关联预测,来作为辅助任务,设置药物-疾病关联预测为目标任务。即通过辅助任务来帮助学习高质量的药物和疾病的表示。
2.如权利要求1所述的一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型,其特征在于,构建异构信息网络:结合药物、疾病相关的多源数据集,构建一个异质信息网络G=(V,E)。
V表示节点的集合:分别包括药物集Vd,miRNA集Vm,蛋白质集Vp,疾病集Ve,即V={Vd,Vm,Vp,Ve},药物,miRNA,蛋白质,疾病的数量分别是nd,nm,np,ne;
E表示节点之间关联,HIN中包含九种类型的边集E,边集E中由以下关联组成:药物-疾病关联药物-miRNA关联药物-蛋白质关联miRNA-疾病关联蛋白质-疾病关联药物-药物相互作用miRNA-miRNA相似性蛋白质-蛋白质相互作用以及疾病-疾病相似性使用独热编码表示异质图HIN的初始特征,如下:
其中,分别是药物、miRNA、蛋白质、疾病的初始特征,Sd、Sm、Sp、Se分别表示nd、nm、np、ne阶单位矩阵,通过初始化HIN的特征并利用图表示学习模块来捕获复杂的语义关联,以获得更好的药物和疾病的表示。
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