[发明专利]一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型在审

专利信息
申请号: 202211221016.6 申请日: 2022-10-08
公开(公告)号: CN115394377A 公开(公告)日: 2022-11-25
发明(设计)人: 赵卫中;叶胜威 申请(专利权)人: 华中师范大学
主分类号: G16C20/50 分类号: G16C20/50;G06N3/08;G06N3/04
代理公司: 南京晟源知识产权代理事务所(普通合伙) 32704 代理人: 谢艳萍
地址: 430079 湖北省武*** 国省代码: 湖北;42
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摘要:
搜索关键词: 一种 基于 任务 学习 图卷 网络 药物 定位 模型
【权利要求书】:

1.一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型,其特征在于,包括以下模块:

输入模块:通过结合药物、miRNA、蛋白质和疾病之间的复杂关联来构建异质信息网络(HIN);

图表示学习模块:通过堆叠带有残差连接和层级注意力机制的图卷积网络层来学习HIN中节点的表示;

多任务预测模块:利用四个预测任务,包括两个与药物相关的预测任务,即药物-miRNA关联预测,药物-蛋白质关联预测;两个与疾病相关的预测任务,即miRNA-疾病关联预测,蛋白质-疾病关联预测,来作为辅助任务,设置药物-疾病关联预测为目标任务。即通过辅助任务来帮助学习高质量的药物和疾病的表示。

2.如权利要求1所述的一种基于多任务学习的异质图卷积网络的药物重定位模型,其特征在于,构建异构信息网络:结合药物、疾病相关的多源数据集,构建一个异质信息网络G=(V,E)。

V表示节点的集合:分别包括药物集Vd,miRNA集Vm,蛋白质集Vp,疾病集Ve,即V={Vd,Vm,Vp,Ve},药物,miRNA,蛋白质,疾病的数量分别是nd,nm,np,ne

E表示节点之间关联,HIN中包含九种类型的边集E,边集E中由以下关联组成:药物-疾病关联药物-miRNA关联药物-蛋白质关联miRNA-疾病关联蛋白质-疾病关联药物-药物相互作用miRNA-miRNA相似性蛋白质-蛋白质相互作用以及疾病-疾病相似性使用独热编码表示异质图HIN的初始特征,如下:

其中,分别是药物、miRNA、蛋白质、疾病的初始特征,Sd、Sm、Sp、Se分别表示nd、nm、np、ne阶单位矩阵,通过初始化HIN的特征并利用图表示学习模块来捕获复杂的语义关联,以获得更好的药物和疾病的表示。

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