[发明专利]蛋白质三维结构建模方法及装置、电子设备和存储介质

权利要求书

1.一种蛋白质三维结构建模方法，其特征在于，所述方法包括：

针对目标蛋白质的各个目标氨基酸序列，在第一蛋白质数据库中获取氨基酸序列相似度高于第一预设相似度的相似氨基酸序列对应的蛋白质链信息，其中，各个氨基酸序列均对应多个蛋白质链信息，所述蛋白质链信息包括蛋白质链的标识信息及氨基酸序列信息；

获取各个目标氨基酸序列的三维结构，将各个目标氨基酸序列的三维结构分别叠加到各个蛋白质链信息中相似氨基酸序列的对应位置，得到多个第一复合体结构；

利用所述目标蛋白质对应的冷冻电子显微镜电子密度图及至少一个第一复合体结构得到所述目标蛋白质的三维结构，包括：根据至少一个第一复合体结构得到第二复合体结构，将所述目标蛋白质对应的冷冻电子显微镜电子密度图及所述第二复合体结构叠加，得到所述目标蛋白质的三维结构；

所述根据至少一个第一复合体结构得到第二复合体结构，包括：

确定至少一个第一复合体结构组，其中，所述第一复合体结构组中的各个第一复合体结构均包括至少一个相同的氨基酸序列；

将所述第一复合体结构组中的各个第一复合体结构的相同氨基酸序列的三维结构进行叠加，得到至少一个第二复合体结构。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，利用所述目标蛋白质对应的冷冻电子显微镜电子密度图及至少一个第一复合体结构得到所述目标蛋白质的三维结构，包括：

将所述目标蛋白质对应的冷冻电子显微镜电子密度图及至少一个第一复合体结构叠加，得到所述目标蛋白质的三维结构。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述根据至少一个第一复合体结构得到第二复合体结构，包括：

将所述第一复合体结构组中的各个第一复合体结构的相同氨基酸序列的三维结构进行叠加，得到至少一个中间复合体结构，并依次对各个中间复合体结构中具有相同氨基酸序列的中间复合体结构进行叠加，直到所有的中间复合体结构合并为所述第二复合体结构、或、所述第二复合体结构及不包括相同氨基酸序列的至少一个冗余复合体结构。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述根据至少一个第一复合体结构得到第二复合体结构，包括：

确定第一基准复合体结构，其中，所述第一基准复合体结构为所述多个第一复合体结构中包括的目标氨基酸序列数目最多的第一复合体结构；

确定多个第二基准复合体结构，其中，各个第二基准复合体结构均包括至少一个与所述第一基准复合体结构相同的目标氨基酸序列、且包括至少一个所述第一基准复合体结构不具有的目标氨基酸序列；

依次将各个第二基准复合体结构与所述第一基准复合体结构的目标氨基酸序列叠加，得到所述第二复合体结构。

5. 根据权利要求3或4所述的方法，其特征在于，所述获取各个目标氨基酸序列的三维结构，包括：

在第二蛋白质数据库中搜索与所述目标氨基酸序列相似度达到第二预设相似度的同源氨基酸序列，并在所述第二蛋白质数据库中获取该同源氨基酸序列的三维结构作为所述目标氨基酸序列的三维结构；或

在所述第二蛋白质数据库中不存在所述同源氨基酸序列的情况下，将所述目标氨基酸序列输入到训练好的蛋白质结构预测模型，获取所述目标氨基酸序列的三维结构。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述第二预设相似度高于所述第一预设相似度。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述第二预设相似度为100%，所述第一预设相似度为50%。

8.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述第一蛋白质数据库为蛋白质结构数据库即PDB数据库，所述第二蛋白质数据库为PDB数据库或AlphaFold数据库。