[发明专利]一种基于MLPA-NGS方法用于司法鉴定的SNP位点检测组合物及其应用

说明书

本发明公开了一种基于MLPA‑NGS方法用于司法鉴定的SNP位点检测组合物及其应用，检测组合物包括如SEQ ID NO.1～284所示的SNP探针对、如SEQ ID NO.285～286所示的通用引物的序列，如SEQ ID NO.287～288所示的左右侧探针端部的通用序列；每对探针均设置用于区分的特征性序列，以对测序结果进行各探针的reads数分析，从而分析SNP分型、样本的测序质量、核心家系亲子关系、X染色体父母来源；本发明还涉及含有上述检测组合物的SNP位点检测试剂盒及其使用方法。上述检测试剂盒检测信息量大，对X染色体拷贝数可达到SNP芯片的效果，灵敏度高，操作简便，便于大规模推广；与超多重PCR加二代测序的SNP检测方法相比，具有探针容易设计、所测模板长度可降低到50bp左右的优势。

技术领域

本发明涉及法医遗传学技术领域，尤其涉及一种基于MLPA-NGS方法用于司法鉴定的SNP位点检测组合物及其应用。

背景技术

基于毛细管电泳技术(Capillary Electrophoresis，CE)的PCR-STR复合荧光扩增检测是目前进行法医学鉴定的主要技术手段。短串联重复序列(short tandem repeat，STR)又称微卫星DNA(micro satellite DNA)，是一类广泛存在于人类基因组中的DNA多态性基因座。它由2～6碱基对构成核心序列，呈串联重复排列。STR基因位点长度一般在100～300bp之间。因个体间DNA片断长度或DNA序列差异而成高度多态性，在基因传递过程中遵循孟德尔共显性方式遗传，因其基因片段短、扩增效率高、判型基本准确等特点，已广泛应用于法医学个体识别和亲子鉴定等领域。目前，法医学DNA数据库大部分均围绕STR基因座展开。但是STR也存在一定的缺陷，这些缺陷包括：STR基因座的突变率过高，有时给亲权鉴定带来困扰；PCR扩增子较长，在以降解检材为模板的检测中不易扩增；STR基因座的数量有限，难于进行复杂亲缘关系的鉴定；毛细管电泳技术中目前可供选择的荧光基团数量有限，不能实现大量STR基因座的并行检测。

SNP(Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，可由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。与STR(自发突变率为10^-3～10^-5)相比，SNP具有相对较低的自发突变率(10^-8)；如使用PCR方法，单个的SNP位点扩增产物可以控制在200bp以下，有利于降解检材的分型；大量SNP为二等位基因，此特性也使其分型结果的分析简便易行，易于自动化处理。

在NGS(下一代测序技术)，又称高通量测序技术成熟之前，SNP分型采用的技术平台主要包括：Mini sequencing(核心是单碱基延伸)、质谱分析，但只能完成几十个遗传标记的并行检测，难以满足SNP司法鉴定的数量需要。