[发明专利]一种猪背膘厚性状育种35K SNP测序分型芯片及应用

说明书

本发明涉及一种猪背膘厚性状育种35K SNP测序分型芯片及应用。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪背膘厚相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与背膘厚相关的功能位点，最终形成一种应用于猪背膘厚性状育种的35K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了背膘厚性状的育种准确性。

技术领域

本发明涉及基因组育种、功能基因组学和分子生物学领域，具体说是一种猪背膘厚性状育种35K SNP测序分型芯片及应用。

背景技术

2001年，Theo Meuwissen等人首次提出了全基因组选择(Genomic Selection，GS)技术的创新思想，这是继上世纪BLUP育种技术实施以来的又一项创新技术，它利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种，通过①早期选择缩短世代间隔，②提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value，GEBV)估计准确性等加快遗传进展，尤其对低遗传力、难测定的复杂性状具有较好的预测效果，真正将基因组技术用于了育种实践，目前正在推动动植物育种的革命性进步，是现代种业中最重要、最前沿的共性技术之一。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNP)作为目前主流的遗传标记，在基因组中数量众多，分布广泛，遗传稳定性好。在人类和动植物研究中被广泛用于各类性状遗传机制的解析、选择进化研究和基因组选择等研究方向。在基因组选择应用中，过去十余年，高通量SNP分析主要依赖于SNP芯片技术，但传统的固相SNP芯片存在着①标记固定无法拓展、②不同群体的通用性差、③不同表型的育种效果差别大、④成本高昂等缺陷，上述问题均限制了全基因组选择技术在育种中大规模推广应用。近几年来，基于测序的SNP分型方法快速发展，其中比较有代表性的是一种所谓“液相芯片”的方法，其核心原理是通过对基因组目标区域进行靶向富集测序，来完成数千至数万个位点的SNP基因分型。虽然该技术比传统固相芯片在设计位点上更灵活，但由于基因组不同位置测序的靶向性存在极大差异，导致其分析和使用成本从原理上无法有效降低，限制了大规模的育种应用。

猪的背膘厚与其瘦肉率直接相关，是种猪遗传育种和性能测定中的重要指标。随着超声波技术的发展，猪活体背膘厚的测量成为可能，这也使得研究人员累计了大量的猪背膘厚数据，针对背膘厚的遗传学和基因组学研究也随之大规模展开，目前已知多个基因与背膘厚相关，例如黑素皮质素受体基因MC4R、瘦素Leptin基因以及激素酶敏感脂肪酶HSL基因等，但整体而言，该性状依然属于典型的数量性状，仅通过少部分分子标记直接有效地应用于育种产业的难度较大，依然需要通过基因组选择技术来实现对背膘厚性状的快速选育。此外，市场消费者对于瘦肉型猪的消费需求促使背膘厚的育种选择也具有重要的经济意义。

发明内容

针对现有技术中存在的缺陷，本发明的目的在于提供一种猪背膘厚性状育种35KSNP测序分型芯片。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪背膘厚相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与背膘厚相关的功能位点，最终形成一种应用于猪背膘厚性状育种的35K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了背膘厚性状的育种准确性。

为达到以上目的，本发明采取的技术方案是：

一种猪背膘厚性状育种35K SNP测序分型芯片，其特征在于，包含36457个SNP位点。

上述测序分型芯片中SNP位点如下表所示：