[发明专利]一种生物力学调控骨改建文本挖掘交互网站构建方法

说明书

本发明涉及一种生物力学调控骨改建文本挖掘交互网站构建方法，所述方法包括：S1，根据相关词条筛选文献中基因信息文本词，获取基因分子互作关系对，构建文献数据库；S2，基于文献数据库中的基因分子互作关系对，采用权重算法计算目标检索因子与经典力学敏感通路的相关性；S3，将目标检索因子与经典力学敏感通路之间的相关性进行可视化展示，并将经典力学敏感通路中的基因分子显示为互相连接的节点，通过单击节点之间的连线可以链接到文献数据库中相应的文献。本发明网站基于开放文献资源，利用自然语言处理策略，挖掘文本数据库，创建了首个骨相关生物力学文本数据库，创新性地引入可视化模式，建立一种以生物学通路为基础的全新分析策略。

技术领域

本发明涉及生物力学网站构建技术领域，尤其涉及一种生物力学调控骨改建文本挖掘交互网站构建方法。

背景技术

骨组织先天性发育不足、发育异常、骨组织缺损或缺失是较为常见的临床问题，对患者颜面外观、心理健康、生活质量影响极大。对此，机械刺激、应力牵张等基于生物力学原理的治疗手段是目前较为安全可靠、高效经济的应对措施。因此，明确力学刺激下骨改建的生物分子机制，是进一步发展精准治疗、高效治疗的首要前提。目前，生物力学调控骨改建研究领域已具有海量研究数据，但信息分散，难以整合，因此构建高效获取重要信息的知识网络技术平台，将为快速推动该领域研究发展提供重要手段。

阐明骨相关细胞对生物力学刺激的响应过程是骨生理、病理研究的基本前提。开放共享的知识平台极大的促进了近代科学的发展，但不断增长的出版物数量和海量信息使得研究者通过手动整理文献进行文献梳理及挖掘愈发困难。在大数据时代，采用机器语言处理模式，调用自然语言处理工具(NLP)来对生物医药相关文献进行整合梳理，是一种高效、可靠、具有极大潜力的应用模式。

目前，Tagger、iTextMine、Geneshot等计算机语言工具可被用于区分生物医学文本中的专业术语及特定表达方式，为针对生物医学文本的计算机语言处理策略提供了可能。近年来，LION LBD、GLAD4U等，都利用NLP工具，进行生物文本挖掘，对数据进行整合梳理，提供研究相关信息。

然而，在骨相关生物力学研究领域，上述的文本研究工具却难以发挥有效作用，主要体现在以下几方面：

1、编程能力限制：现存多数文本处理工具面向为具有一定编程能力的用户，如Tagger、iTextMine、Geneshot等，需要用户掌握一定的自然语言处理知识，而对于多数生物医学科研工作者而言，操作难以实现。

2、背景数据库冗余：生物过程是是精确且有条件限制的，虽然现有的NLP工具能够提取并结构化存储的大量数据信息，但大多使用未经过滤的背景数据库，会造成不相关信息的纳入，造成结果的假阳性。对于特定的生物学领域，特别是生物力学这类相对小众的研究领域，难以在泛医学研究背景库内得到较好的搜索结果。因此，研究者需要一种有针对性的、更适合骨相关生物力学研究的NLP工具。

3、缺乏可视化展示：对于复杂交互的网络结构而言，纯文本信息相较于图形化的展示方式，难以提供清晰、有逻辑性的框架结构，因此，本实施例需要一种可视化模式，对分子间的连接和交互关系进行梳理，以便于研究者能够快速了解通路信息并定位所需的目标。

发明内容

本申请为了解决上述技术问题提供一种生物力学调控骨改建文本挖掘交互网站构建方法。

本申请通过下述技术方案实现：

一种生物力学调控骨改建文本挖掘交互网站构建方法，所述方法包括：

S1，根据相关词条筛选文献中基因信息文本词，获取基因分子互作关系对，构建文献数据库；

S2，基于文献数据库中的基因分子互作关系对，采用权重算法计算目标检索因子与经典力学敏感通路的相关性；