[发明专利]游离DNA的片段化模式的分析

权利要求书

1.分析生物样品以确定来自包括第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物中的所述第一组织类型的比例贡献的分类的方法，所述生物样品包括所述混合物，所述方法包括：

识别至少一个具有所述第一组织类型特异性片段化模式的基因组区域；

分析来自所述生物样品的多个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：

确定对应于所述游离DNA分子的至少一个末端的参考基因组中的基因组位置；

识别第一基因组位置的第一集合，每个第一基因组位置具有对应于所述第一基因组位置的游离DNA分子的末端的局部最小值；

识别第二基因组位置的第二集合，每个第二基因组位置具有对应于所述第二基因组位置的游离DNA分子的末端的局部最大值；

确定结束于所述至少一个基因组区域的任一个中的所述第一基因组位置的任一个上的游离DNA分子的第一数目；

确定结束于所述至少一个基因组区域的任一个中的所述第二基因组位置的任一个上的游离DNA分子的第二数目；

使用所述第一数目和所述第二数目计算分离值；以及

通过比较所述分离值与一个或多个校准值确定所述第一组织类型的所述比例贡献的分类，所述校准值由一个或多个已知所述第一组织类型的比例贡献的校准样品确定。

2.分析生物样品以确定第一组织类型的基因型的方法，所述生物样品包括来自包括所述第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述第一组织类型可能具有与所述多个组织类型的其它组织类型不同的基因型，所述方法包括：

识别所述第一组织类型的游离DNA分子的末端以高于阈值的比率出现的第一基因组位置；

通过计算机系统分析来自个体的所述生物样品的第一多个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：

确定对应于所述游离DNA分子的至少一个末端的参考基因组中的基因组位置；

基于所述第一多个游离DNA分子的所述分析，识别结束于所述第一基因组位置处的游离DNA分子集合；

对于所述游离DNA分子集合中的每一个：

确定所述第一基因组位置处出现的对应碱基，借此确定所述第一基因组位置处的多个对应碱基；和

使用所述游离DNA分子集合中的所述第一基因组位置处出现的所述多个对应碱基确定所述第一基因组位置处的所述第一组织类型的基因型。

3.分析生物样品的方法，所述生物样品包括来自包括第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述方法包括：

通过计算机系统分析来自个体的所述生物样品的多个游离DNA分子，所述多个游离DNA分子中的每一个具有左末端和右末端，其中分析游离DNA分子包括：

确定对应于所述游离DNA分子的所述左末端的参考基因组中的左侧结束位置；

确定对应于所述游离DNA分子的所述右末端的所述参考基因组中的右侧结束位置；

识别左侧基因组位置的左侧集合，其各自具有所述多个游离DNA分子的左末端的局部最大值，所述局部最大值对应于所述左侧基因组位置的左侧集合中的一个；

识别右侧基因组位置的右侧集合，其各自具有所述多个游离DNA分子的右末端的局部最大值，所述局部最大值对应于所述右侧基因组位置的右侧集合中的一个；和

如下识别对所述第一组织类型具有特异性的基因组位置的第一集合：

比较所述左侧集合的左侧基因组位置与所述右侧集合的右侧基因组位置以识别所述基因组位置的第一集合，其中左侧基因组位置与最接近的右侧基因组位置的距离大于第一阈值距离，所述第一阈值距离为所述参考基因组中的至少5个基因组位置。