[发明专利]用于表征目标多核苷酸的方法及衔接体

说明书

本发明提供了用于表征目标多核苷酸的方法及衔接体。本发明提供了一种表征目标多核苷酸的方法，包括：(a)使目标多核苷酸穿过纳米孔移动，其中，所述目标多核苷酸的测序终端包含修饰部分，所述修饰部分使纳米孔堵塞；(b)随着所述目标多核苷酸相对于所述孔移动，获取一个或多个电和/或光测量值。本发明还提供了用于表征目标多核苷酸的衔接体，其中，所述衔接体包含修饰部分，所述修饰部分结合到所述目标多核苷酸的测序终端，所述修饰部分使纳米孔堵塞。本发明提供的方法避免了测序完成的文库大量富集在纳米孔测序装置的反式(Trans)端，并进一步提高了反式(Trans)端改造的可变性。

技术领域

本发明属于基因测序领域，涉及一种表征多核苷酸的方法，本发明还涉及所述方法中使用的衔接体。

背景技术

纳米孔测序技术具有长读长、直接读取修饰信息和实时数据生产并行分析的特点，在长片段核酸检测变异(包括但不仅限于点突变、插入缺失、倒位易位、基因融合、RNA异常剪切、RNA编辑等多种核酸相关变异)和修饰信息(包括但不仅限于甲基化、乙酰化等)检测方面比二代测序或其他测序平台有更明显优势。该平台支持数据生产和分析并行的特点实现了实时变异/修饰检出和诊断，加上便携式的设计，使其具有广泛的应用前景。

对纳米孔两侧施加电压后，当分析物(例如多核苷酸、多肽、多糖和脂质)通过纳米孔时造成电流下降，不同结构的分析物所引起的电流阻断程度不同。当分析物在纳米孔的桶(barrel)中暂时停留一段时间时，电流会发生变化。纳米孔检测核苷酸给出已知特征和持续时间的电流变化。

在目前的进行纳米孔测序中，测序起始时所有的待测分析物均被加载到纳米孔测序装置的顺式(Cis)端。而在测序过程中，待测分析物会不断过孔，并大量聚集到纳米孔测序仪的反式(Trans)端。

发明内容

本发明的目的在于提供一种表征目标多核苷酸的方法，本发明还提供了所述方法中使用的衔接体。本发明的衔接体可用于避免测序文库富集到测序装置的反式(Trans)端，从而避免该富集可能的干扰，并进一步提高了反式(Trans)端改造的可变性。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

第一方面，本发明提供了一种表征目标多核苷酸的方法，包括：

(a)使目标多核苷酸穿过纳米孔移动，

其中，所述目标多核苷酸的测序终端包含修饰部分，所述修饰部分使纳米孔堵塞；

(b)随着所述目标多核苷酸相对于所述孔移动，获取一个或多个电和/或光测量值，其中所述测量值代表所述目标多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述目标多核苷酸。

根据本发明所述的方法，还包括：

(c)使所述目标多核苷酸相对于所述纳米孔反向移动，回到所述纳米孔的起始侧。

根据本发明所述的方法，其中，

所述纳米孔包括固态纳米孔和/或生物纳米孔；所述生物纳米孔包括跨膜孔；所述跨膜孔包括跨膜蛋白孔。

根据本发明所述的方法，其中，步骤(c)不包括：

随着所述多核苷酸相对于所述孔移动，获取一个或多个电和/或光测量值，其中所述测量值代表所述多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述目标多核苷酸。

根据本发明所述的方法，其中，步骤(c)包括：

随着所述多核苷酸相对于所述孔移动，获取一个或多个电和/或光测量值，其中所述测量值代表所述多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述目标多核苷酸。

根据本发明所述的方法，其中，步骤(c)中，所述使所述目标多核苷酸相对于所述孔反向移动通过包括如下至少一种方式实现：施加反向电压。