[发明专利]微卫星稳定性的检测方法、检测装置、计算机设备及存储介质

说明书

本发明涉及一种微卫星稳定性的检测方法、检测装置、计算机设备及存储介质。上述微卫星稳定性的检测方法和检测装置，结合统计模型和相关基因位点，能够实现在没有阴性参照样本的情况下对微卫星稳定性状态进行评估，较传统的检测方法，提高了效率，降低了检测成本，提高了准确性。

技术领域

本发明涉及生物信息学领域，特别是涉及一种微卫星稳定性的检测方法、检测装置、计算机设备及存储介质。

背景技术

微卫星不稳定性(Microsatellite Instability，MSI)是DNA复制及损伤过程中出现的碱基错配、未配或多配造成的现象，表现为同一微卫星位点在不同个体之间的差异，或者同一个体的正常组织与某些异常组织之间重复单位的差异。

由一系列特异性修复DNA碱基错配的酶组成的DNA错配修复(mismatch repair，MMR)系统能够查出MSI并进行修复，保证复制的准确性。如果MMR修复系统出现故障，如参与MMR修复的基因发生了突变，则有可能导致MSI和整个基因组的不稳定性，最终可能造成细胞增殖分化异常和肿瘤的发生。

通过MSI检测，可以评价MMR系统功能，从而预测癌症患者是否对免疫疗法敏感。目前MSI相关的检测方法主要有3种：

1)免疫组化(Immunohistochemistry，IHC)：通过使用相应抗体检测四种常见错配修复基因(MLH1、MSH2、MSH6和PMS2)的表达情况，明确是否存在错配修复缺陷。存在1种及以上蛋白表达阴性即为错配修复缺陷(deficient mismatch repair，dMMR)，否则为错配修复蛋白完整(proficient mismatch repair，pMMR)。其优势在于应用性广泛，并且能确定哪些MMR蛋白在肿瘤细胞中表达缺失。但是IHC本身存在主观性，同时受抗体质量和实验因素等影响，有时无法检出某些蛋白的变化，导致MMR结果偶有报错。

2)基于PCR(Polymerase Chain Reaction)的方法：主要采用多重荧光PCR结合毛细管电泳的方法，通过PCR扩增特定的微卫星序列，然后通过毛细管电泳比较肿瘤组织与正常组织微卫星序列长度的差异来判断该位点是否存在MSI现象。这种检测方法是公认的MSI检测的金标准，也是使用最广泛的方法。PCR检测方法不仅弥补了IHC在因非截断式错义突变导致的MSI无法检出的漏洞，同时还具备良好的可重复性。但是，其检测的基因(panel)的位点较少、通量较低、无法提供具体的基因突变信息，而且实验周期较长。

3)基于NGS(Next-Generation Sequencing)的方法：与PCR相比，NGS方法通量大，涉及基因范围广、灵敏度和特异性更高，可与靶点的突变检测和肿瘤突变负荷(tumormutation burden，TMB)检测等共用一份测序数据。在目前已发表的NGS方法中，一般都是以PCR检测结果作为金标准，通过比较二者结果一致性作为评价NGS检测性能的标准。但目前基于NGS检测方法都需要以正常样本为参照，增加了取样步骤。

发明内容

基于此，有必要提供一种微卫星稳定性的检测方法，以能够实现对样本微卫星稳定性的无参且较为准确的检测。

此外，还提供一种微卫星稳定性的检测装置、一种计算机设备和一种计算机存储介质。

一种微卫星稳定性的检测方法，包括以下步骤：

获取待测样本的测序数据；

根据待测样本的测序数据，得到待测样本的突变基因状态矩阵其中，t为所有待测样本的待分析的基因数量，q＝(b_1t，b_2t，b_3t，...，b_nk)^T，b为各待测样本的目标位点的突变状态，n为待测样本的样本量，k＝1，2，3，...，t；及