[发明专利]微卫星稳定性的检测方法、检测装置、计算机设备及存储介质在审
申请号: | 202210255054.7 | 申请日: | 2022-03-15 |
公开(公告)号: | CN114708916A | 公开(公告)日: | 2022-07-05 |
发明(设计)人: | 王维锋;刘成琨;郑新;姚继成 | 申请(专利权)人: | 至本医疗科技(上海)有限公司;上海至本医学检验所有限公司 |
主分类号: | G16B40/00 | 分类号: | G16B40/00 |
代理公司: | 华进联合专利商标代理有限公司 44224 | 代理人: | 陈春渠 |
地址: | 200000 上海市中国(上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 卫星 稳定性 检测 方法 装置 计算机 设备 存储 介质 | ||
1.一种微卫星稳定性的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
获取待测样本的测序数据;
根据所述待测样本的测序数据,得到所述待测样本的突变基因状态矩阵,其中,t为所有所述待测样本的待分析的基因数量,q=(b1t,b2t,b3t,...,bnk)T,b为各所述待测样本的目标位点的突变状态,n为所述待测样本的样本量,k=1,2,3,...,t;及
根据预设的系数β和公式得到yv,yv=(d1,d2,d3,...,dn)T,d代表得到的各所述待测样本的微卫星稳定性状态,n为所述待测样本的样本量。
2.根据权利要求1所述的检测方法,其特征在于,还包括如下确定所述预设的系数β的步骤:
获取已确定微卫星稳定性状态的训练样本的测序数据,作为训练集测序数据;
根据所述训练集测序数据,得到所述训练样本的突变基因状态矩阵其中,i为所有所述训练样本的待分析的突变基因数量,p=(a1j,a2j,a3j,...,amj)T,a为各所述训练样本的目标位点的突变状态,m为所述训练样本的样本量,j=1,2,3,...,i;及
根据由弹性网络回归得到的关系式得到所述预设的系数β,其中,y=(c1,c2,c3,...,cm)T,c代表各所述训练样本的微卫星稳定性状态,m为所述训练样本的样本量。
3.根据权利要求2所述的检测方法,其特征在于,λ1和λ2的计算包括步骤:令λ=λ1=λ2,采用5-折交叉验证估计得到λ。
4.根据权利要求2或3所述的检测方法,其特征在于,所述待测样本的测序数据和所述训练集测序数据是通过二代测序得到的。
5.一种微卫星稳定性的检测装置,其特征在于,包括以下模块:
测序数据获取模块,用于获取待测样本的测序数据;
突变状态获取模块,用于根据所述待测样本的测序数据,得到所述待测样本的突变基因状态矩阵其中,t为所有所述待测样本的待分析的基因数量,q=(b1t,b2t,b3t,...,bnk)T,b为各所述待测样本的目标位点的突变状态,n为所述待测样本的样本量,k=1,2,3,...,t;及
微卫星稳定性状态检测模块,用于根据预设的系数β和公式得到yv,yv=(d1,d2,d3,...,dn)T,d代表得到的各所述待测样本的微卫星稳定性状态,n为所述待测样本的样本量。
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