[发明专利]一种基于靶向捕获测序的鸡低密度SNP液相芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种基于靶向捕获测序的鸡低密度SNP液相芯片及其应用，本发明的芯片中含有包括5912个SNP位点，其中与屠宰型鸡品种经济性状显著关联的2582个，来源于33个中国代表性地方鸡品种全基因组重测序数据及相关研究，适合于地方鸡品种的资源评价和亲缘鉴定，以及屠宰型肉鸡品种经济性状遗传改良中的应用。同时，本发明的鸡低密度液相芯片可以通过直接增减探针的方式对目标SNP位点进行调整，与固相芯片相比具有更好的灵活性。

技术领域

本申请属于基因芯片技术领域，涉及一种基于靶向捕获测序的鸡低密度 SNP液相芯片及其应用。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作为最新一代分子标记，因其数量多、分布广、多态性丰富和易于检测等优势，在医学诊断、农业育种等领域得到广泛的应用。随着分子生物学及相关学科的飞速发展，越来越多的物种基因组测序陆续完成，高通量SNP检测技术应运而生，以满足不断增长的基因组水平SNP检测需求。

目前高通量SNP检测技术主要采用固相芯片和测序两种策略。固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交，通过标记物的荧光信号进行分型，拥有分型准确度高、周期短等优势，但也存在单位点分型成本高、不易于定制等缺点。

现有的商业化鸡SNP芯片主要包括Illumina 60K、Axiom 600K、Pheno ixChip-I(Illumina 50K)和IASCHICK(Illumina 50K)，已经被育种企业和科研单位广泛采用，主要应用于鸡基因组选择、种质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、基因组关联分析等。这些固相芯片SNP密度普遍较高，因而分型成本较高，目前市场上缺少中低密度SNP芯片。同时由于这些芯片主要基于国外高产品种设计，在我国地方家禽品种中应用存在一些限制。

适合屠宰上市的黄羽肉鸡品种一般胸腿肌发育和肉质较好，具有较早的上市日龄，且需拥有明显的屠体外观特色。2021 年，江苏省家禽科学研究所联合江苏立华牧业股份有限公司成功培育了国内首个屠宰加工型黄羽肉鸡——“花山鸡”(http://xh.xhby.net/pc/con/202112/10/c ontent_1006062.html)。目前，鸡屠体外观等屠宰型品种相关的经济性状仍以常规选择为主，相关的分子标记研究和应用有待完善，尚无适合屠宰型品种选育的基因芯片。

发明内容

本发明为了克服上述技术问题，提供了一种基于靶向捕获测序的鸡低密度SNP液相芯片，包括5912个SNP位点。本发明的鸡低密度液相芯片可用于我国地方鸡屠宰性状基因组选择育种、遗传多样性分析、品种鉴定、亲缘关系鉴定以及全基因组关联分析。

本发明第一方面，提供了一种鸡全基因组SNP分子标记组合，所述鸡全基因组SNP分子标记组合由5912个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记在鸡参考基因组GRCg6a上的位置如表1中NO.001至NO.5912所示。

表1 5912个SNP分子标记位置