[发明专利]芋球茎发育内参基因CeRPL28的筛选及其应用

说明书

本发明涉及植物基因技术领域，特别涉及芋球茎发育内参基因CeRPL28的筛选及其应用，本发明内参基因CeRPL28是可针对芋球茎不同发育时期进行荧光定量分析的内参基因，该内参基因的获得是通过对芋球茎整个发育期进行连续取样，每隔30d进行规律性取样，以该芋球茎材料，根据RNA‑Seq测序数据分析，利用软件评估并分析各个候选内参基因的表达稳定性，获取一个新的内参基因CeRPL28，为后期利用q RT‑PCR探索芋球茎发育相关关键基因提供了一个新内参基因，为后期的芋发育研究提供更多的内参基因和更强有力的理论依据。

【技术领域】

本发明涉及植物基因技术领域，特别涉及芋球茎发育内参基因CeRPL28的筛选及其应用。

【背景技术】

芋(Colocasia esculenta)又称芋头、芋艿、毛芋，是天南星科芋属的多年生草本植物。芋最初产于东南亚，之后向东传播到远东亚洲和大洋洲，向西传播到地中海地区，目前在全球范围内广泛种植，种植最多的地域为中国、日本和太平洋诸岛。芋是很多非洲和亚洲太平洋岛国居民的主要粮食，与其它块茎和块根植物相比，芋具有更高的营养价值。芋不仅可食用，也可药用，它味甘辛、平、性滑，其叶、花、球茎均可入药，具有宽肠胃、补脾胃、腹中癖块、消痨散结等作用，主治肿毒、牛皮癣、烫火伤等症。芋可食部分是球茎，是蛋白质、碳水化合物、脂肪、粗纤维、维生素C、硫胺素、核黄素、烟酸等的来源，淀粉是芋球茎最重要的成分，芋球茎的碳水化合物含量几乎是马铃薯的两倍，蛋白质含量也比山药、木薯、红薯高11％，由于存在如此丰富的营养物质含量，了解这些营养物质组成的遗传基础很重要。

近年来，随着高通量测序和分子生物学研究的不断发展，基因的表达分析也逐渐应用于揭示芋基因表达和调控机理的研究。随着芋基因组的测序，更加加快了芋相关性状的遗传机理解析。

实时荧光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)是目前检测基因表达水平的主要分析手段。qRT-PCR结果的可靠性受到初始样本量、RNA完整性、cDNA质量和扩增效率等因素的影响。因此，表达稳定的内参基因对比较不同样本目的基因表达水平至关重要，正确选择合适的内参基因进行校正和标准化，才能获得准确的qRT-PCR结果。目前，植物中常用来作为内参基因的基因有肌动蛋白(actin)、微管蛋白基因(β-tubulin,TUB)、转录延伸因子基因(elongation factor,EF1A和EF1B)、真核起始因子(eukaryotic initiationfactor,eIF)、泛素结合酶基因(ubiquitin-conjugating enzyme,UBC)、组蛋白(Histone,H3-1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)等。但是随着研究的深入，以往认为的很多内参基因(如actin等)在一定的实验条件下其表达量并不稳定。因此，在实际研究中，需要针对样本的不同组织或者不同生长发育时间段进行取材来筛选出稳定表达的内参基因。

本研究基于课题组前期对芋球茎不同发育阶段的样本进行转录本测序的数据，以60S核糖体蛋白基因家族基因表达量FPKM值的稳定性，使用变异系数CV进行评估，选择CV值≦0.2，的基因作为候选内参基因。利用qRT-PCR分析5个候选基因在芋球茎8组不同发育时期表达稳定性，利用三种内参基因稳定性分析软件geNorm、NormFinder和BestKeeper分析这5个候选内参基因在不同发育时期的稳定性并进行综合分析排序，为后续开展芋球茎发育相关功能基因表达研究提供了参考依据。

【发明内容】

鉴于上述内容，有必要提供另一芋的内参基因，该基因可以很好的对芋的不同生长发育时期进行表达分析。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

芋球茎发育内参基因CeRPL28，所述内参基因CeRPL28的核苷酸序列如序列表SEQID NO.1所示。