[发明专利]霍乱弧菌的多重检测和分型

权利要求书

1.一种检测样品中霍乱弧菌(V.cholerae)的方法，所述方法包括：

使所述样品与多于一对引物接触，其中所述多于一对引物包含：

能够与霍乱弧菌的ompW基因杂交的至少一对引物，其中所述至少一对引物中的每种引物包含SEQ ID NO:1-8的序列中的任一个，或与SEQ ID NO:1-8的序列中的任一个显示至少约85％同一性的序列；

能够与霍乱弧菌血清组O1的rfbN基因杂交的至少一对引物，其中所述至少一对引物中的每种引物包含SEQ ID NO:12-19的序列中的任一个，或与SEQ ID NO:12-19的序列中的任一个显示至少约85％同一性的序列；

能够与霍乱弧菌血清组O139的wbfR基因杂交的至少一对引物，其中所述至少一对引物中的每种引物包含SEQ ID NO:24-33的序列中的任一个，或与SEQ ID NO:24-33的序列中的任一个显示至少约85％同一性的序列；以及

能够与霍乱弧菌的ctxA(霍乱毒素)基因杂交的至少一对引物，其中所述至少一对引物中的每种引物包含SEQ ID NO:39-48的序列中的任一个，或与SEQ ID NO:39-48的序列中的任一个显示至少约85％同一性的序列；

如果所述样品包含霍乱弧菌、霍乱弧菌血清组O1、霍乱弧菌血清组O139和编码霍乱毒素的霍乱弧菌中的一种或更多种，则产生ompW基因序列的扩增子、rfbN基因序列的扩增子、wbfR基因序列的扩增子、ctxA基因序列的扩增子或其任何组合；以及

确定一种或更多种扩增子的存在或量，作为所述样品中霍乱弧菌、霍乱弧菌血清组O1、霍乱弧菌血清组O139和编码霍乱毒素的霍乱弧菌中的一种或更多种的存在的指示。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括使所述样品与能够与大肠杆菌(E.coli)的yaiO基因杂交的至少一对对照引物接触，其中所述至少一对对照引物中的每种引物包含SEQ ID NO:53-62的序列中的任一个，或与SEQ ID NO:53-62的序列中的任一个显示至少约85％同一性的序列，并且

如果所述样品包含大肠杆菌，则从所述样品产生大肠杆菌的yaiO基因序列的扩增子；以及

确定大肠杆菌的yaiO基因序列的扩增子的存在或量，作为所述样品中大肠杆菌的存在的指示。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述样品与包含所述多于一对引物和能够与大肠杆菌的yaiO基因杂交的所述至少一对对照引物的组合物接触。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述样品是生物样品或环境样品。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述环境样品从以下获得：食品样品、饮料样品、纸张表面、织物表面、金属表面、木材表面、塑料表面、土壤样品、淡水样品、废水样品、盐水样品、暴露于环境空气或其他气体的样品、其培养物或其任何组合。

6.根据权利要求4所述的方法，其中所述生物样品从以下获得：组织样品、唾液、血液、血浆、血清、粪便、尿液、痰、黏液、淋巴、滑液、脑脊液、腹水、胸腔积液、血清肿、脓、皮肤或黏膜表面的拭子、其培养物或其任何组合。

7.根据权利要求4所述的方法，其中所述生物样品包括粪便样品或来源于粪便样品。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述多于一对引物包含含有SEQ IDNO:1、3、5或7的序列的第一引物，含有SEQ ID NO:2、4、6或8的序列的第二引物，含有SEQ IDNO:12、14、16或18的序列的第三引物，含有SEQ ID NO:13、15、17或19的序列的第四引物，含有SEQ ID NO:24、26、28、30或32的序列的第五引物，含有SEQ ID NO:25、27、29、31或33的序列的第六引物，含有SEQ ID NO:39、41、43、45或47的序列的第七引物，以及含有SEQ ID NO:40、42、44、46或48的序列的第八引物。