[发明专利]早期识别植物中的病原

说明书

本发明涉及早期发现植物的病原以及识别这种病原针对化学或生物防治剂的抗性标志。本发明的主题是一种系统、一种方法和一种计算机可读介质，用于借助于序列分析来早期发现在植物处、其上或其中存在病原以及识别抗性标志。

本发明涉及早期识别在植物或植物部位中、其附近或其表面的病原以及识别这种病原针对化学或生物防治剂的抗性的标志。本发明的主题是一种系统、一种方法和一种计算机可读介质，用于借助于序列分析来早期识别在植物或植物部位中、其附近或其表面上存在的病原以及识别抗性标志。

早期识别病原对植物的感染是非常重要的。对感染的识别越早，就越能采取适当的措施来防止疾病的爆发和/或传播和/或避免对植物的伤害。

WO2017/194276描述了一种用于检测植物疾病的方法，所述方法基于对植物部位的图片的分析。然而植物可能已被病原群落感染，而不出现可见的症状。另外无法借助于此类图像分析来确定病原群落的抗性状态。

US20120088696A1公开了一种微电化学的多路PCR平台，所述平台可以用于实时地扩增、研究和定量分析目标核苷酸并且例如可以用于快速检测植物疾病。然而，平台必须分别专门为了识别特定的疾病而各自进行适配并且在应用中是相对高耗费的。

有利的是，不仅在早期识别病原，而且还在早期状态下就已经可以确定病原群落中针对防治剂的抗性。

WO2019149626A1涉及在田地中识别抗性标记物。

本发明是对在WO2019149626A1中说明的技术方案的补充。本发明将确定抗性与早期识别植物中的病原相组合。在本说明书中提出的技术方案是高效的、自适应地并且可以向病原和抗性的早期识别中引入其他信息。

本发明的第一个主题提供一种包括以下步骤的方法：

-从植物或植物生长的介质中采集样品，

-识别所述样品中的病原，

-识别所述病原针对防治剂的抗性的标志，

●其中所述病原的识别以及所述抗性的标志的识别借助于对所述样品中的单独核酸或单独肽测序来完成，其中在对单独核酸或单独肽测序时确定核苷酸序列或氨基酸序列，其中将所述核苷酸序列或氨基酸序列与参考序列进行比较，其中所述测序在第一阶段和第二阶段两个阶段中进行，

●其中在所述第一阶段中，在对每一种核酸或每一种肽测序期间将分别确定的序列与至少一个病原序列进行比较，并且

■对于所确定的序列与所述至少一个病原序列不一致的情况，中断对这种核酸或这种肽的进一步测序，

■对于所确定的序列与病原序列一致的情况，确定具有所述病原序列的病原，并且基于所确定的病原来确定至少一种抗性标记物，并且转换到所述第二阶段中，

●其中在所述第二阶段中，将所述样品中的核酸或肽的序列与所确定的所述至少一种抗性标记物和/或与无抗性序列进行比较。

本发明的另一个主题是一种系统，包括：

-测序单元，

-控制及计算单元，以及

-至少一个数据存储器，其中对于至少一种病原存储有至少一个病原序列和至少一种抗性标记物，

其中所述测序单元被配置为用于对植物或植物生长的介质中的样品中的核酸或肽进行测序，并且由此确定在所述样品中的核苷酸或氨基酸的序列，

其中所述测序单元被配置为用于在确定所述序列期间将分别确定的序列传输给所述控制及计算单元，

其中所述控制及计算单元被配置为用于在第一阶段中将各个所传输的核酸或肽的序列与至少一个病原序列进行比较，并且