[发明专利]一种RNase H突变体及其应用

说明书

本发明提供一种RNase H突变体，涉及生物技术领域，具体涉及RNase H突变体及其应用。本发明的RNase H突变体能够准确识别并切割DNA‑RNA杂合链中的RNA单链，使得RNase H突变体对短的杂交链不识别或不切割，提高RNase H对目标片段识别并切割的准确度。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及RNase H突变体及其应用。

背景技术

转录组测序(RNA-seq)能全面快速地获得某一物种特定组织或器官在特定状态下的几乎所有转录本序列信息，是研究基因表达调控的主要手段。转录组测序中样品是来源于细胞或组织中经分离的总RNA，包括编码RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。对于转录组分析中的目标RNA(mRNA和LncRNA)，rRNA的数据属于冗余信息，因为rRNA含量占RNA总量的80％以上，且提供的转录本信息非常少，浪费了宝贵的测序数据。所以，在RNA测序的过程当中，需要进行rRNA去除。

现主流rRNA去除的方法是RNase H消化法，采用特异性的DNA探针与rRNA杂交，利用RNase H能够特异性消化DNA-RNA杂交链中的RNA单链，而未与探针杂交的mRNA、lncRNA等不受影响，从而富集目标RNA。该方法对低投入量样本(如10ng样本投入)及质量较差样本(如FFPE样本)的兼容性较好，并且rRNA去除效率高，价格较低。RNase H消化法包括探针与rRNA杂交、RNase H消化rRNA链、DNase I消化探针三个主要步骤，其中RNase H消化rRNA步骤中，利用RNase H是内切酶，能够特异性消化DNA-RNA杂合链中的RNA链的特性，消化DNA探针与rRNA杂合链中的rRNA。此方法中存在一个明显弊端，即DNA探针多以rRNA序列为模板设计，力求特异性匹配，所以一般探针长度为30nt及以上，但即使如此，在探针与rRNA杂交过程中，也会存在DNA探针与非rRNA的RNA形成短序列的非完整杂交，被RNase H识别及消化，导致非rRNA的RNA被打断或者降解。

因此，获得一种能够准确识别并切割DNA-RNA杂合链中的RNA链RNase H突变体就变得尤为重要。

发明内容

本发明旨在针对现有技术的不足，提供一种RNase H突变体，改变亲本RNase H对杂合链的识别长度，使得RNase H突变体对短的杂交链不识别或不切割，提高RNase H对目标片段识别并切割的准确度。

为实现上述目的，本发明提供以下技术方案：

本发明的一方面提供一种RNase H突变体，所述RNase H突变体包含在SEQ IDNO.1所示的氨基酸序列中进行突变，所述突变是指插入、取代、或缺失中的一种或多种，优选地，所述突变包含在SEQ ID NO.1序列中的一个或多个氨基酸位置上的氨基酸取代。

在一些实施方案中，所述RNase H突变体包含在SEQ ID NO.1所示氨基酸序列的第67位氨基酸进行取代；优选地，所述取代为将D(天冬氨酸)取代为Q(谷氨酰胺)或将D取代为N(天冬酰胺)。

在一些实施方案中，所述RNase H突变体是将SEQ ID NO.1所示氨基酸序列中第67位的氨基酸的取代为谷氨酰胺。

在一些实施方案中，所述RNase H突变体是将SEQ ID NO.1序列中第67位的氨基酸的取代为天冬酰胺。

在一些实施方案中，所述RNase H突变体包含SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述RNase H突变体包含SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列。