[发明专利]靶向富集测序试剂及靶向富集方法

说明书

本发明涉及靶向富集技术领域，尤其涉及靶向富集测序试剂及靶向富集方法。本发明研究表明，RNA探针捕获单链DNA时，或者DNA与RNA杂交过程中，添加适当的DMSO可以提高特异性。相对于未添加DMSO的实验组，添加DMSO后单链DNA的富集量得到显著性提高，p0.05。

技术领域

本发明涉及靶向富集技术领域，尤其涉及靶向富集测序试剂及靶向富集方法。

背景技术

靶向富集测序是一种将基因组核酸碎片化后利用特定目标区域探针将靶标分子定向抓取实现捕获富集，然后进行二代高通量测序的技术。在该技术中，RNA探针捕获单链DNA时的特异性对测序结果的影响非常显著。如何提高RNA探针捕获单链DNA的特异性是本领域目前亟待解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明要解决的技术问题在于提供提高特异性的靶向富集测序试剂及靶向富集方法。

本发明提供了DMSO在提高RNA探针捕获单链DNA的特异性中的应用。

本发明还提供了一种靶向富集试剂，其中DMSO的体积分数为5％～16.9％。优选的，DMSO的体积分数为16.9％。

本发明所述的靶向富集试剂中，包括DNAlibrary、BlockMix、Hyb Buffer、RNaseBlock、探针和添加剂。

本发明实施例中，所述靶向富集试剂中DNAlibrary 0.5μl、BlockMix5.6μl、HybBuffer 13μl、RNase Block5μl、探针2μl和添加剂2.9μL。

具体实施例中，所述DNAlibrary中包括500-750ng DNA，添加剂为DMSODMSO。

所述BlockMix中包括：Human cot-1DNA2.5μl、Salmon spermDNA2.5μl、Block3(测序接头封闭试剂)0.6μl。

所述Hyb Buffer中包括：20×SSPE 6.63μl、0.5MEDTA0.27μl、50×Denhardt’ssolution 2.65μl、10wt％SDS 3.45μl。

所述RNase Block包括：探针覆盖范围≥3Mb时以三倍体积水稀释的SuperaseIN，或探针覆盖范围3Mb时以九倍体积水稀释的SuperaseIN。

一些实施例中，每2μL探针溶液中，含有RNA探针500ng。

所述探针的序列包括：任何人为设计的针对特定DNA序列的RNA探针，例如全外显子富集探针、基因集合靶向富集探针等。探针序列对本发明实验结果影响不显著，富集效果仅与靶向富集试剂的组成，特别是DMSO的添加相关。

本发明还提供了一种靶向富集单链DNA的方法，其以本发明所述的靶向富集试剂进行反应。

反应条件包括：将DNAlibrary、添加剂和BlockMix于95℃加热5分钟，并保持65℃预热；将Hyb Buffer、RNase Block和探针混合；将上述两种混合物进一步混合，吹打8-10次，保持105℃热盖，然后65℃反应24h。

本发明研究表明，RNA探针捕获单链DNA时，或者DNA与RNA杂交过程中，添加适当的DMSO可以提高特异性。相对于未添加DMSO的实验组，添加DMSO后单链DNA的富集量得到显著性提高，p0.05。

附图说明

图1示不同添加剂对富集效果的影响；

图2示不同批次探针的富集效果，其中*示存在显著性差异，p0.05。

具体实施方式