[发明专利]水稻耐高温基因TT1的KASP标记开发及其应用

说明书

本发明公开了水稻耐高温基因TT1的KASP标记开发及其应用，属于基因生物技术领域。其中所述分子标记是与水稻耐高温基因TT1紧密连锁的KASP标记KASP_TT1，所述KASP_TT1是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。本发明应用KASP技术对水稻耐高温基因TT1进行基因型鉴定，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定、绿色环保等优点，可精准检测水稻耐高温基因TT1，对促进耐高温水稻育种具有重要意义。

技术领域

本发明涉及水稻耐高温基因TT1的KASP标记开发及其应用，属于基因生物技术领域。

背景技术

水稻(Oryza sativa)是我国重要的粮食作物，其种植面积占粮食作物种植总面积的30％。水稻不仅是我国人民的主粮，还是我国重要的工业加工原料，常用于制作淀粉、酿酒、制醋及医药用；同时，稻杆还是良好饲料及造纸原料和编织材料(张治波.浅谈水稻种植重要性[J].农家科技旬刊,2014,005:112-112.)。因此，水稻对我国民生保障有着重要的战略意义，水稻稳产提产是我国研究的重要方向。

近年来，高温热害已经成为影响水稻生产的重要自然灾害，长江中下游作为主要的水稻产区也成为高温热害的重灾区。培育耐高温水稻是解决这一问题的重要途径，利用耐高温基因连锁分子标记在水稻苗期从DNA水平对目标植株进行高温耐性选择，弥补了传统育种中出现的诸多弊端，是提高耐高温水稻育种效率的有效途径(Tanksley等，RFLPmapping in plant breeding:New tools for an old science.1989,Biotechnology,7:257-263)。目前，部分耐高温基因已被挖掘，如OsTT1基因(胡雪娇,程灿,涂荣剑,等.水稻耐高温TT1基因的功能标记的开发与应用[J].分子植物育种,2019,v.17(22):148-153.)。上述基因也已开发了连锁的分子标记，然而SSR标记、InDel标记或CAPS标记虽然可以用于分子标记辅助选择，但检测效率低，还可能会产生气溶胶污染环境，不适用于高通量的分子检测平台。

KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此，开发适合于高通量分子检测平台的水稻粒型KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用，提高我国水稻的育种效率和育种水平具有重要意义。

发明内容

本发明针对上述背景技术所提及的技术问题，而采用以下技术方案来实现：

水稻耐高温基因TT1的KASP标记开发，所述分子标记是与水稻耐高温基因TT1紧密连锁的KASP标记KASP_TT1，所述KASP_TT1是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。

水稻耐高温基因TT1的KASP标记开发在C1、C2、C3或C4中的应用：

所述C1为检测水稻基因组中KASP_TT1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻高温耐性中的应用；

所述C2为检测水稻基因组中KASP_TT1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐高温水稻产品中的应用；

所述C3为检测水稻基因组中KASP_TT1位点的多态性或基因型的物质在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；

所述C4为检测水稻基因组中KASP_TT1位点的多态性或基因型的物质在选育耐高温的水稻资源中的应用。