[发明专利]FFPE样本DNA快速提取的方法

说明书

本发明公开了FFPE样本DNA快速提取的方法，包括以下几个步骤，将石蜡组织样本切片；对FFPE组织样本进行裂解；水浴孵育；磁珠吸附；磁珠清洗等。避免使用传统的二甲苯，其一种有毒的有机试剂，不仅容易造成核酸片段化，核酸得率低，而且对操作者的人身安全有一定的威胁性，本发明将其替换为二甲基硅油，二甲基硅油具有无毒无味、耐高温、化学稳定性高的特点，且能够有效溶解石蜡，起到脱蜡的作用，减小对操作者人身安全，提高了核酸的提取产率。

技术领域

本发明属于核酸提取技术领域，特别是涉及FFPE样本DNA快速提取的方法。

背景技术

FFPE(Formalin-fixed paraffin-embedding)，通常指人的或者动植物组织样本利用福尔马林固定、石蜡包埋形成的石蜡切片或者石蜡块样本，是医学领域常见的生物材料。这一保存方法是目前用于长期保存病理样本的标准化方法，可以保存临床上大量的患病组织。此类样本已经被广泛应用于高通量测序、原位杂交、免疫组织化学等研究领域。

如果要对FFPE组织进行分子生物学研究，首先就是要进行DNA的提取。但是固定剂的交联作用对核酸结构有损，福尔马林组织固定与石蜡包埋作用会妨碍核酸的提取，抑制DNA聚合酶的活性从而影响PCR扩增。除此之外，石蜡阻碍消化液对组织的渗透，从而抑制蛋白酶K和组织内蛋白的接触，影响组织消化和DNA释放。所以为了消除石蜡对DNA提取和PCR扩增的不良影响，必须在保证不增加外源性PCR抑制因子，并尽量减少DNA额外损伤的前提下对组织进行彻底脱蜡。

现在有很多科研工作者使用二甲苯进行脱蜡，但二甲苯脱蜡方法仍然存在较多问题：首先，二甲苯是一种有毒的有机试剂，不仅容易造成核酸片段化，核酸得率低，而且对操作者的人身安全有一定的威胁性。另外，如果组织切片比较厚，超过10μm，二甲苯难以渗透，脱蜡效果不彻底，影响后续酶的消化效率。

本试剂盒将脱蜡液由普通试剂盒中有毒的二甲苯替换为无毒的二甲基硅油，试剂盒使用简便，可以实现快速高效的FFPE样本核酸提取，简化了脱蜡步骤，提高了试剂盒的性价比，同时，设计相应试剂包装盒，有效避免试剂瓶晃动和倾倒，结构更稳定。

发明内容

本发明的目的在于提供FFPE样本DNA快速提取的方法，将脱蜡液由普通试剂盒中有毒的二甲苯替换为无毒的二甲基硅油，可以实现快速高效的FFPE样本核酸提取，简化了脱蜡步骤，提高了试剂盒的性价比。

为解决上述技术问题，本发明是通过以下技术方案实现的：

FFPE样本DNA快速提取的方法，包括以下几个步骤，

(1)将石蜡组织样本(FFPE组织样本)放入切片机切取5-10张切片，厚度为10μm，放入1.5mL离心管中，做好标记；

(2)在装有FFPE组织样本的1.5mL的离心管中加入裂解液buffer200ul、蛋白酶K20ul和脱蜡液二甲基硅油50ul，涡旋震荡2min，4000r/min离心2min；蛋白酶K是一种从白色念珠菌分离出来的强力蛋白溶解酶，具有很高的比活性，是DNA提取的关键试剂。

传统使用的二甲苯是一种有毒的有机试剂，不仅容易造成核酸片段化，核酸得率低，而且对操作者的人身安全有一定的威胁性。鉴于此，本试剂盒将其替换为二甲基硅油，二甲基硅油具有无毒无味、耐高温、化学稳定性高的特点，且能够有效溶解石蜡，起到脱蜡的作用。

(3)水浴锅预热至56℃，将离心过的有FFPE组织样本在56℃条件下孵育1小时，然后水浴锅升温至90℃，继续孵育1小时，可观察到管中分层，上层为油相层，下层为水相层，孵育结束后，取出离心管冷却至室温，用移液器小心将下方水相溶液完全取出转移至另外一支1.5mL离心管中；水浴加热提供高温,溶解石蜡。石蜡溶解后，出现油水分层，油相层包含溶解二甲基硅油和石蜡，剩余成分裂解液等分到水相层。