[发明专利]检测盖塔病毒的荧光RT-RAA引物、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了检测盖塔病毒的荧光RT‑RAA引物、试剂盒及其应用。本发明所保护的基于荧光RT‑RAA的检测盖塔病毒的试剂盒包括检测盖塔病毒的组合物即序列表中序列2所示的引物RT‑RAA‑F2、序列表中序列3所示的引物RT‑RAA‑R2和序列表中序列4所示探针。实验证明，该试剂盒能够快速高效的检测GETV，在39℃恒温反应30min即可完成检测，灵敏度为8拷贝/反应的GETV SC201807病毒质粒转录本和20TCID50/反应的GETV SC201807病毒RNA，特异性好，准确性高，可以为猪盖塔病毒的临床样品的检测提供技术支撑。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及检测盖塔病毒的荧光RT-RAA引物、试剂盒及其应用。

背景技术

盖塔病毒(Getah virus,GETV)是披膜病毒科甲病毒属的人畜共患病病毒，正链RNA病毒。主要引起猪发生发烧、腹泻和繁殖障碍，导致马出现发热、皮疹和水肿等临床症状。在过去几年中，研究人员先后在野猪、蓝狐、牛等动物中分离到盖塔病毒，并且通过血清学调查发现，鸡和鸭血清内含有GETV特异性抗体，说明鸡和鸭也可能是盖塔病毒的感染宿主。

为了便于临床诊断和流行病学研究，需要建立一种快速有效的盖塔病毒检测方法。目前已经建立了多种方法用于GETV的临床检测，包括病毒分离、酶联免疫吸附试验、血清中和试验、RT-PCR和RT-qPCR等。病毒分离费时费力，血清学检测易与其他甲病毒属成员出现交叉反应，其他方法操作复杂并且需要昂贵的仪器。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何快速检测盖塔病毒或如何制备检测盖塔病毒的RT-RAA试剂盒。

为了解决上述技术问题，本发明首先提供了基于荧光RT-RAA用于检测盖塔病毒的试剂盒。所述试剂盒可包括检测盖塔病毒的组合物。所述组合物可包括引物RT-RAA-F2、RT-RAA-R2和探针。所述引物RT-RAA-F2的核苷酸序列可如序列表中序列2所示。所述引物RT-RAA-R2的核苷酸序列可如序列表中序列3所示。所述探针的核苷酸序列可如序列表中序列4所示。

上文所述试剂盒可为基于荧光RT-RAA技术的试剂盒。

上文所述试剂盒中，所述探针可具有下述任一修饰或其组合：

A1)在序列表中序列4第31核苷酸上标记荧光基团；

A2)在序列表中序列4的第32位核苷酸标记淬灭基团；

A3)在序列表中序列4的第31位碱基和32位碱基中间用四氢呋喃修饰；

A4)在序列表中序列4的第46位核苷酸用C3-spacer标记。

上文所述荧光基团可为I6FAM。所述四氢呋喃修饰基团可为dSpacer(IDSP)。所述淬灭基团可为IBHQ1。

上文所述试剂盒中，所述组合物还可包括RT荧光基础反应单元。所述RT荧光基础反应单元可包含单链DNA结合蛋白、重组酶、逆转录酶和/或DNA聚合酶。所述RT荧光基础反应单元可来源于荧光型RT-RAA核酸扩增试剂盒。所述RT荧光基础反应单元可为冻干粉。

上文所述试剂盒中，所述组合物还包括镁离子缓冲液。所述镁离子缓冲液可为醋酸镁(浓度280mmol/L)。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了上文所述的检测盖塔病毒的组合物。

上文所述组合物的各组分可为液体和/或固体粉末。

上文所述组合物的各组分可为单独包装。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了用于检测盖塔病毒的系统。所述系统可含有上文所述的试剂盒和荧光检测仪器。

上文所述系统可为基于荧光RT-RAA技术的系统。所述荧光检测仪器可为荧光定量PCR仪。