[发明专利]一种基于mSNP技术检测玉米种子纯度的混样检测方法

说明书

本发明涉及一种基于mSNP技术检测玉米种子纯度的混样检测方法，其利用引物对1F/R～20F/R进行，所述引物对1F/R～20F/R的基因序列见SEQ ID No.1～40；本发明采用mSNP技术，在扩增子不变的情况下，可以检测到更多的SNP变异；采用混样的方法进行检测，在减少扩增工作量的同时降低了测序成本，也加快了检测速度，可在一天时间内最多完成1440粒种子的检测。本方法是利用测序技术直接读取单核苷酸多态，通过程序直接进行纯度结果的判读，结果直观，可靠，避免受种子发育期、及结果判读时主观因素的影响。

技术领域

本发明属于种子纯度检测领域，具体涉及一种基于mSNP技术检测玉米种子纯度的混样检测方法。

背景技术

玉米是世界三大粮食作物之一，在食品、饲料和能源等行业有广泛的应用。根据中国报告网数据显示，2019年我国玉米播种面积达到4128万hm²，总产量达到2.6亿吨。玉米也是杂种优势利用最成功的作物之一，高纯度的玉米杂交种子是充分发挥杂交种优势的基础。由于玉米的种植面积大，对种子的需求量也较大，种子的质量问题就尤为关键。因此保障玉米生产稳定发展、促进玉米产量稳步提升对我国社会稳定和人民生活水平的维持都有很大促进作用。

种子纯度是种子质量的核心指标，对玉米产量及品质都有直接的影响。据统计，玉米种子纯度下降1％，产量将下降135kg/hm²。玉米杂交种的纯度鉴定是玉米种子质量控制体系中的关键环节。传统的形态鉴定依赖品种表型的差异，受环境影响大、周期长、工作量大、且受季节的限制以及鉴定人员的专业水平等限制，严重影响种子质量上市的速度。生理生化标记鉴定应用最多的是同工酶和种子蛋白电泳技术。同工酶一般从玉米的胚芽鞘、根、叶等组织中提取，提取时很难保证表达一致造成结果不准确，同工酶电泳对环境要求也较高，且成本较高。蛋白质电泳根据不同品种产生的特征蛋白质标记，将不同品种区分开，稳定性好、重复性好。但同工酶和蛋白质都是基因表达的产物，不能完全展示品种间的多态性，尤其是在现在的育种工作中，种质基础日趋狭窄，生理生化鉴定对关系密切的杂交种难以进行鉴定。随着分子生物学的发展，DNA分子标记鉴定成为种子纯度鉴定应用最广泛的方法。分子标记直接反映基因组DNA间的差异，与形态标记和生化标记相比，具有位点多、多态性高、不受环境影响等优点，为品种鉴定提供了更加准确、可靠的方法。常见的分子标记有RFLP、RAPD、AFLP、SSR等。RFLP标记具有多态性稳定、重复性好等优点，但是操作较复杂、DNA用量大且需要用到放射性同位素等。RAPD标记操作简单、DNA需求量少、灵敏度高，在玉米纯度鉴定中McDonald、吴敏生、赵久然和郭景伦等研发人员都用该技术对玉米材料进行过纯度鉴定。但是该标记是显性标记，杂交种和亲本之一的带型有可能一致限制了该方法的应用。AFLP具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。美国先锋公司最早开始使用该技术进行玉米自交系和杂交种的鉴定；高世斌、袁力行都用该技术做过种质鉴定的工作。该标记多态性好、稳定性高但步骤多、对操作人员技术要求也较高。SSR标记呈共显性、多态性好、结果可靠在玉米纯度鉴定中应用也较多，李晓辉、高文伟和王凤格等都运用该技术对玉米进行品种鉴定。虽然该标记可以对表型难以鉴定的品种进行有效的鉴定，但是对只涉及基因组某个位点的DNA序列或一个染色体的变化不能直接进行鉴别和分析。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种基于mSNP技术检测玉米种子纯度的混样检测方法，其高效、准确、成本低。

为了实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

技术方案一：

一种于mSNP技术的玉米种子纯度检测的引物组，其特征在于，其包括引物对1F/R、引物对2F/R、引物对3F/R、引物对4F/R、引物对5F/R、引物对6F/R、引物对7F/R、引物对8F/R、引物对9F/R、引物对10F/R、引物对11F/R、引物对12F/R、引物对13F/R、引物对14F/R、引物对15F/R、引物对16F/R、引物对17F/R、引物对18F/R、引物对19F/R、引物对20F/R；其中每条引物对均由正向引物和反应引物组成；