[发明专利]一种崂山奶山羊低密度液相SNP芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种崂山奶山羊低密度液相SNP芯片及其应用，属于分子检测技术领域；该SNP芯片包括1792个SNP位点，本发明崂山奶山羊低密度液相SNP芯片可用于鉴定崂山奶山羊群体的亲缘关系，避免近亲交配，指导崂山奶山羊的育种工作，提高崂山奶山羊的经济价值。

技术领域

本发明涉及分子检测技术领域，更具体的说是涉及一种崂山奶山羊低密度液相SNP芯片及其应用。

背景技术

由于种畜群体规模较小、谱系记录不全等原因，我国地方家畜品种往往存在近亲繁殖的现象；而近亲交配会导致家畜生产性能下降，严重情况下会导致近交衰退，从而带来较高的经济损失。

崂山奶山羊原产于山东省胶东半岛，主要分布于崂山及周边区市，是崂山一带群众经过多年培育形成的一个产奶性能高的地方良种，是中国奶山羊的优良品种之一。崂山奶山羊具有适应能力强、产奶性能高、抗病力强、养殖成本低等特点，通过对崂山奶山羊不同种群间的血缘关系鉴定，可以更好的对崂山奶山羊进行研究及选育。

目前可用于崂山奶山羊不同种群间的血缘关系鉴定的方法包括RFLP、RAPD、小卫星、微卫星、SNP芯片等。RFLP是最早开发的DNA标记，在同一基因座上只有两个等位基因，多态性不够高，且测定方法比较复杂，近年已很少使用。RAPD无法分辨纯合子和杂合子，且标记引物很短，很容易产生人为的扩增产物，故稳定性和重复性差。微卫星及小卫星存在突变率和无效等位基因检出率均较高的问题，在杂合度较低或位点较少的情况下，其系谱重建的可靠性和准确性有待提高。而SNP标记被证实更加敏捷和准确，使得SNP芯片成为一种覆盖面较广、亲缘关系鉴定较为准确的方法。

目前市面上的山羊SNP芯片均为10K以上的中高密度固相芯片，理论上可以满足崂山奶山羊亲缘关系鉴定的要求。但是由于这些芯片扫描的基因组范围较广、密度较大，使用成本较高，同时数据分析的工作量较大，一定程度上限制了其在奶山羊育种实践中的应用。另外，不同山羊品种的SNP分子标记的数量和位点也会存在明显的差异；所以开发出专属于崂山奶山羊的低密度SNP芯片对于提升该品种的育种效率极为必要。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种崂山奶山羊低密度液相SNP芯片及其应用。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种崂山奶山羊低密度液相SNP芯片，其特征在于，包括1792个SNP位点；所述1792个SNP位点信息如表1所示：

表1

上述崂山奶山羊低密度液相SNP芯片在崂山奶山羊选育中的应用。

上述崂山奶山羊低密度液相SNP芯片在崂山奶山羊亲缘关系分析中的应用。