[发明专利]一种用于宏基因组学病原体检测参考阈值建立的方法

说明书

本发明公开了一种用于宏基因组学病原体检测参考阈值建立的方法。该方法包括：确定临床样本类型；确定其组成成分及人源细胞含量分布范围；设置梯度阴性对照；对阴性对照样本按照待测临床样本即将进行的宏基因组检测流程进行多批次重复测试；统计不同人源细胞浓度的阴性对照样本中不同病原体的检测序列数，得到对应病原体在不同人源细胞浓度的阴性对照样本的检测序列数波动区间；以对应病原体在阴性对照样本中的检测序列数波动区间上限的120％为阈值。本发明能实现样本检测结果分层判别，提高宏基因组学病原检测结果准确性；可提高报告解读效率；可有效减少宏基因组检测结果的假阳性；可实时评估检测流程中的污染，指导实验室流程改进。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于宏基因组学病原体检测参考阈值建立的方法。

背景技术

随着二代测序成本的降低和检测时效性的缩短，宏基因组学检测技术越来越多的应用到临床致病病原体的检测中，因其具有无偏性，覆盖病原广等优势，可一次性对样本中的全部病原进行检测，并且无需培养，可直接对临床样本进行检测，可有效鉴别混合感染及其他难培养的微生物，对临床感染病原体的检测具有重要意义。但宏基因组学方法在临床推广及使用过程中也遇到一定的瓶颈，包括对于人源细胞含量较高的样本病原体检测敏感性较低的问题；对于宏基因组检出的大量病原体如何解读的问题；对于呼吸道样本检出定植菌和致病菌的甄别等问题，都是困扰临床医生使用本技术的主要问题。

宏基因组学检测原理是对样本中的全部核酸进行检测，其检测结果受诸多因素影响，包括检测样本中的人源细胞含量，病原核酸含量，病原体类型，病原基因组大小，测序数据量大小，检测环境，检测所使用的各种试剂、耗材，病原体数据库，生信比对算法等因素影响。所有的影响因素均会呈现在最终的检测结果中，因此如何在不同影响因素下建立合理的检测阈值，并且对检测结果进行有效的过滤，是宏基因组学结果呈现准确性的重要环节。

发明内容

本发明提供了一种针对宏基因组检测结果进行参考阈值建立的方法，可以辅助临床对宏基因组检测结果进行过滤，减少结果中的干扰信息，为临床提供更加准确的检测结果。

第一方面，本发明要求保护一种用于建立宏基因组学病原体检测参考阈值的方法。

本发明所要求保护的用于建立宏基因组学病原体检测参考阈值的方法，可包括如下步骤：

(1)确定待进行宏基因组学病原体检测的临床样本的类型。

(2)根据所述临床样本的类型确定其组成成分以及人源细胞含量数量级分布范围10ⁿ至10^n+m个细胞/mL；其中，m和n均为正整数；所述组成成分不包括病原体。

(3)根据步骤(2)确定的所述临床样本的组成成分及人源细胞含量数量级分布范围10ⁿ至10^n+m个细胞/mL，设置m个阴性对照样本；所述阴性对照样本的组成成分与所述临床样本尽可能保持一致，如能获得阴性临床样本的，最好使用阴性临床样本作为阴性对照样本。

当m＝1时，所述阴性对照样本的人源细胞含量为10ⁿ个细胞/mL；