[发明专利]用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合及其鉴定方法有效
| 申请号： | 202110825345.0 | 申请日： | 2021-07-21 |
| 公开（公告）号： | CN113308559B | 公开（公告）日： | 2023-07-18 |
| 发明（设计）人： | 刘宏祥;沈永杰;章双杰;李慧芳;王靖;阮丽莎;朱春红;许冰斌;朱杰;朱静;宋卫涛;陈维;于书云;陶志云;徐文娟 | 申请（专利权）人： | 江苏省家禽科学研究所;昆山市畜牧兽医站 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12N15/11;G16B20/20 |
| 代理公司： | 北京东正专利代理事务所(普通合伙) 11312 | 代理人： | 刘瑜冬 |
| 地址： | 225125 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 鉴定 娄门鸭 品种 snp 组合 及其 方法 | ||
1.一种用于鉴定娄门鸭品种的引物组合，其特征在于，所述引物组合为用于扩增SNP位点的引物组合；所述SNP位点为如下的LM1P位点到LM11P位点：
LM1P位于NC_040047.1染色体上第7884538位，其脱氧核苷酸为C或T；
LM2P位于NC_040047.1染色体上第50172915位，其脱氧核苷酸为G或A；
LM3P位于NC_040047.1染色体上第88344831位，其脱氧核苷酸为C或G；
LM4P位于NC_040048.1染色体上第93613586位，其脱氧核苷酸为G或C；
LM5P位于NC_040053.1染色体上第27582986位，其脱氧核苷酸为C或T；
LM6P位于NC_040053.1染色体上第33918341位，其核苷酸碱基为T或G；
LM7P位于NC_040057.1染色体上第18621687位，其核苷酸碱基为A或G；
LM8P位于NC_040057.1染色体上第20312796位，其核苷酸碱基为T或A；
LM9P位于NC_040058.1染色体上第5857153位，其核苷酸碱基为A或G；
LM10P位于NC_040059.1染色体上第10958839位，其核苷酸碱基为G或A；
LM11P位于NC_040063.1染色体上第11389726位，其核苷酸碱基为G或A。
各引物的序列为：
LM1F：5’TAGTTCCGCAGCCTTGTTTTC3’
LM1R：5’GCTTTGGGTCTTAGTGTCCA3’
LM2F：5’CGACAACAGCAAAAGAGAGTGT3’
LM2R：5’ACTTTGATAATGGCAGACCCGA3’
LM3F：5’GGGCCCCTGAAACTGAAGAAAG3’
LM3R：5’GCTAAAGTGCCAGCGATCAG3’
LM4F：5’GCATTGAAACAAGCTGCCCA3’
LM4R：5’CAGGTGACCACCCAACCTAC3’
LM5F：5’ACGGTGCTGACAAGCTCTTT3’
LM5R：5’TGAACATCCCTGTTCGGGTG3’
LM6F：5’ACAGTCATTGGAAACAGGGCT3’
LM6R：5’TGGGGAAAGACCCACTTGTT3’
LM7F：5’AGGCGCTAAGAAACTACTCGT3’
LM7R：5’AGCAGAGACAGTTCAAGGGC3’
LM8F：5’TCCCAGTCGGCATCAGTTTT3’
LM8R：5’TTATTCACCGTGGGCAGCAG3’
LM9F：5’AATTCAGGCAGGAGATGGCA3’
LM9R：5’CCTGGGGAAAGCAACAGGAA3’
LM10F：5’GAGCCAGAGGCAAAGGGAAT3’
LM10R：5’GTGCATCGTGTCTTCTCCCT3’
LM11F：5’GGCCATCCTCAGTGGCTATT3’
LM11R：5’TGGACTTGGGACCTGTTTGG3’。
2.权利要求1所述引物组合在娄门鸭品种鉴定中的应用。
3.一种娄门鸭品种的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测鸭基因组总DNA；
(2)根据所选SNP位点，利用权利要求1的引物进行PCR扩增；
(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型；
(4)根据基因型结果，判断个体是否属于娄门鸭品种；
所述步骤(4)中，根据贝叶斯定理判定该个体属于娄门鸭的概率,计算公式如下：
其中，pi表示SNP组合中第i个SNP中娄门鸭品种对应基因型的频率，qi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率；
若PLM大于0.95，则判定待测鸭为娄门鸭。
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