[发明专利]用于检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C技术

权利要求书

1.检测待测样品中染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，包括：

a. 对样品中的染色质包括DNA、蛋白以及RNA进行交联；

b. 通过Nt.CivPII和E. coli DNA聚合酶I在染色质开放区域进行切口反应切割基因组DNA；

c. 进行末端修复，在修复的末端上加尾，所述加尾选自dA，dT，dG，dC中的任何一种；

d. 引入带标记的桥接头，所述标记选自生物素标记或地高辛标记；

e. 解交联，破碎DNA，富集带标记的DNA片段。

2.根据权利要求1所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述样品为动物细胞。

3.根据权利要求1所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述样品为人细胞。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，采用交联剂对样品中的染色质进行交联，所述交联剂选自由甲醛、戊二醛、福尔马林、多聚甲醛、戊二酸二琥珀酰亚胺酯、二乙二醇琥珀酰亚胺琥珀酸酯及其组合组成的组。

5. 根据权利要求1-3中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，通过T4 PNK和选自Klenow、T4 DNA聚合酶I的聚合酶进行末端修复。

6. 根据权利要求1-3中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，通过Klenow exo-在修复的末端上加尾，所述加尾选自dA，dT，dG，dC中的任何一种。

7.根据权利要求1-3中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，在邻位连接过程中引入带标记的桥接头。

8.根据权利要求7所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述桥接头选自由一条单链DNA退火形成的桥接头或由两条单链DNA退火形成的桥接头。

9.根据权利要求8所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，退火形成的桥接头末端多一个碱基，以与修复的末端上的加尾配对。

10.根据权利要求7所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述桥接头由合成的/5Phos/TGCAAGCTT(生物素)GCAT片段退火得到。

11.检测染色质开放位点间染色质相互作用的组合物或试剂盒，其特征在于包括：

a. 交联剂，所述交联剂选自由甲醛、戊二醛、福尔马林、多聚甲醛、戊二酸二琥珀酰亚胺酯、二乙二醇琥珀酰亚胺琥珀酸酯及其组合组成的组；

b. Nt.CivPII和E. coli DNA聚合酶I；

c. T4 PNK和Klenow/T4 DNA聚合酶I；

d. Klenow exo-；

e. dA，dT，dG，dC中的任何一种；

f. 带标记的桥接头；

g. 解交联剂；

h. DNA纯化试剂。

12.根据权利要求11所述的组合物或试剂盒，其特征在于，所述桥接头由合成的/5Phos/TGCAAGCTT(生物素)GCAT片段退火得到。

13.根据权利要求1-10中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C方法或根据权利要求11-12中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的组合物或试剂盒在捕获染色质开放位点以及检测染色质开放位点间染色质相互作用中的用途。