[发明专利]一种同时检测病原体和肿瘤的基因组检测方法及试剂盒

说明书

本文提供了鉴定受试者是否患有肿瘤的方法，该方法包括利用来自所述受试者的宏基因组测序结果进行肿瘤分析。本文提供的方法可以对不同来源的组织或体液样本，经过一次核酸提取、建库和测序，同时对测序数据进行感染分析和染色体拷贝数变异分析，以寻找潜在的病原菌和肿瘤线索。本文还提供了用于在受试者中同时检测病原体和肿瘤的试剂盒。

技术领域

本文涉及鉴定肿瘤的方法，尤其是利用宏基因组测序结果进行肿瘤分析的方法。本文还涉及用于同时检测病原体和肿瘤的试剂盒。

背景技术

在临床诊断过程中，有一些患者表现出高度疑似感染性疾病的症状，如持续性发热、不明原因的疼痛、肺部细小的结节等等。这些患者往往难以找到明确的感染证据， 在临床治疗中通常会进行经验性的抗感染治疗，如大剂量的长期使用抗生素，特别一 些非常规抗生素，如万古霉素等等。但其中很多患者进行了长时间的抗感染治疗以后 症状并未得到改善，各种排查以后才最终发现是肿瘤患者，这就导致了对患者治疗的 延误和抗生素的无效使用，对于患者身体和经济都造成巨大的负担。

最为典型的如发热待查(FUO)患者，发热待查是指经常规检查和治疗体温仍然不能 恢复正常，诊断不能明确，称为发热待查。发热待查的原因很多，主要分感染性发热 (包括细菌、真菌、病毒、结核、支原体、立克次体、螺旋体、寄生虫等)、非感染性发 热(无菌性坏死组织吸收热、血液病、肿瘤性疾病、变态反应和结缔组织病、内分泌性 发热、中枢性发热、药物热等)。据报道，约有20％的发热待查患者是由肿瘤性疾病导 致的。目前常用的mNGS(微生物宏基因组)技术，可以解决大部分由于感染导致的发热 查因，但无法进行肿瘤的排查，在很多情况下，例如一些淋巴瘤，即使采用了CT、磁 共振、PET等全身扫描技术，肿瘤排查也非常困难。很多患者进行了长时间的抗感染 治疗以后，各种排查以后才最终发现是肿瘤患者，贻误了诊疗时间。

在肺部小结节的患者中，也会出现感染和肿瘤难以区分的情况。一些真菌感染也会造成肺部形成小结节，如隐球菌感染，而肺癌的早期结节对患者的及时治疗尤为关 键，肺癌在I期进行手术治疗有较好的预后，但若发生远端转移则预后很差。因此，对 结节性质的判断在临床上十分重要。但在临床实践中，影像发现肺部的细小结节经常 难以进行穿刺活检，而通过气管镜采集的肺泡灌洗液可以进行感染的检测也难以满足 临床病理检测的要求。

在神经性疾病中，感染和肿瘤也是难以区分。因为脑部的特殊性，使得脑部的病灶经常难以进行取样活检，特别是一些特殊的肿瘤在影像中也难以识别到明显的肿瘤 病灶，如脑膜癌。感染和肿瘤引起的神经性症状往往高度相似，如抽搐，头晕等等。 此类疾病对临床的诊断也带来极大的挑战。

发明内容

一方面，本文提供了鉴定受试者是否患有肿瘤的方法，包括利用来自所述受试者的宏基因组测序结果进行肿瘤分析。

在一些实施方案中，在对所述宏基因组测序结果中的非人源数据进行病原体分析的同时对所述宏基因组测序结果中的人源数据进行所述肿瘤分析。

在一些实施方案中，所述肿瘤分析包括以所述宏基因组测序结果进行拷贝数变异(CNV)分析。

在一些实施方案中，在进行所述拷贝数变异分析前去除所述宏基因组测序结果中的非人源数据。

在一些实施方案中，所述受试者为发热待查患者、具有肺部小结节的患者或者神经系统疾病患者。

在一些实施方案中，所述宏基因组测序结果为以鉴定所述受试者所感染的病原体种类为目的而进行的基因组测序的结果。

在一些实施方案中，所述宏基因组测序结果源自所述受试者的血液、痰液、脑脊液、肺泡灌洗液、穿刺组织、或伤口渗出液。

另一方面，本文提供了用于通过测序鉴定受试者中的病原体和肿瘤的试剂盒，其包括包含至少一种病原体的核酸片段和至少一种肿瘤细胞的核酸片段的阳性质控品。

在一些实施方案中所述病原体的核酸片段来自铜绿假单胞菌。