[发明专利]一种基于靶向测序的枸杞S基因的快速分型鉴定方法

权利要求书

1.一种基于靶向测序的枸杞S基因快速分型鉴定，其特征在于，依据若干参考枸杞品种的S基因设计探针，利用设计的探针组合物对待测枸杞样品的基因进行杂交捕获、测序分析，并将测序结果与参考枸杞品种的S基因进行比对，判断待测枸杞样品的S基因与所述参考枸杞品种的S基因是否匹配，确定待测枸杞样品S基因所匹配的参考枸杞品种；

在进行S基因序列的比对过程中，通过reads数和Coverage值来区分不同的S基因，遵从以下原则：

1)去除比对到多个位置且比对值一致的reads；

2)保留唯一比对和在基因间比对有差异的reads，这些reads有助于进行基因序列的区分；

3)上述分析原则，深度≥10X，结果中有覆盖的就说明涵盖该基因；

所述参考枸杞品种的S基因采用已知枸杞品种的S基因；若干所述参考枸杞品种的S基因如SEQ ID NO:1～15所示；

依据所述参考枸杞品种的S基因设计的探针组合物，包括50条探针序列，所述50条探针序列如SEQ ID NO:16～65所示。

2.根据权利要求1所述的一种基于靶向测序的枸杞S基因快速分型鉴定，其特征在于，利用设计的探针组合物对待测枸杞样品的基因进行杂交捕获、测序分析，包括如下步骤：

步骤1、样品文库的制备：

枸杞基因组DNA经打断、末端修复、接头连接、接头产物纯化后，获得测序文库，然后进行文库扩增和文库纯化；

步骤2、探针杂交：将纯化后的文库DNA与权利要求1所述的探针组合进行杂交捕获后，洗脱去除未结合的DNA，获得杂交后的DNA；

步骤3、PCR富集

将杂交后的DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；

步骤4、PCR纯化

对PCR扩增产物进行纯化；

步骤5测序

将纯化后的PCR扩增产物采用二代测序技术进行基因测序，获得待测枸杞样品S基因的测序结果。

3.根据权利要求2所述的一种基于靶向测序的枸杞快速分型鉴定，其特征在于，

步骤1、样品文库的制备，包括如下步骤：

步骤1.1、对枸杞基因组DNA进行准确定量；

步骤1.2、枸杞基因组DNA通过酶切进行打断，获得DNA片段；

步骤1.3、打断的基因组DNA进行末端修复；

步骤1.4、将末端修复后的DNA片段连接上接头；

步骤1.5、将连接接头后的产物进行纯化；

步骤1.6、对连接接头的DNA进行文库扩增

步骤1.7、对扩增后的文库进行纯化，获得样品文库。