[发明专利]一种DNA自组装用序列文库、其结构元件及其应用在审
申请号: | 202110498428.3 | 申请日: | 2021-05-08 |
公开(公告)号: | CN113981545A | 公开(公告)日: | 2022-01-28 |
发明(设计)人: | 朱小立;陆翠翠;陈桂芳;郑萌萌;张润驰 | 申请(专利权)人: | 上海大学 |
主分类号: | C40B40/06 | 分类号: | C40B40/06;C40B50/06;C12Q1/6883;G01N33/53 |
代理公司: | 上海上大专利事务所(普通合伙) 31205 | 代理人: | 于慧 |
地址: | 200444*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 dna 组装 序列 文库 结构 元件 及其 应用 | ||
1.一种DNA自组装用序列文库,其特征在于该序列文库由区域1、区域2和区域3组成,其中区域1和区域3中序列的设计规则为:长度为7个碱基,G、C碱基数之和为3,相互之间相似率及互补率均小于等于4个碱基;区域2中序列的设计规则为:长度为16个碱基,G、C碱基数之和为8,相互之间相似率及互补率均小于等于6个碱基。
2.根据权利要求1所述的一种DNA自组装用序列文库,其特征在于所述的区域2为SEQID NO.1—174所示的碱基序列中至少一种。
3.根据权利要求1所述的一种DNA自组装用序列文库,其特征在于所述的区域1/3为SEQID NO.175—381所示的碱基序列中至少一种。
4.一种DNA自组装结构元件,由一个触发链T和一对具有茎环结构的发夹结构DNA链H1和H2组成,所述的T链、H1和H2采用根据权利要求1、2或3所述的一种DNA自组装用序列文库中的序列构建而成,其特征在于:所述的T链的结构为:如图1中的T;所述的H1和H2的结构分别为:如图1中的H1和H2,其中1,2和3分别为从区域1、区域2和区域3种任选的一段序列;1’、2’和3’分别为1、2和3的互补序列。
5.一种筛查急性心肌梗死相关的微小RNA的方法,采用杂交链式反应法,其结构元件为根据权利要求4所述的DNA自组装结构元件,其特征在于该方法的具体步骤为:
a.任一套用于HCR反应的H1和H2均修饰有荧光基团,且该荧光基团修饰在H1和H2的3’端;根据被检测靶标的数目进行荧光基团的选择,对于数目大于1小于等于3个的待检测靶标,选择两个不同颜色的荧光基团,相应有3个组合;对于数目大于3小于等于6个的待检测靶标,选择三个不同颜色的荧光基团,以此类推;最终得到
b.将有生物素修饰的捕获链,即C链与有链霉亲和素修饰的磁珠在PBS缓冲液中反应,由于生物素和链霉亲和素会特异性结合,因此磁珠能捕获C链,得到结合有捕获链C链的有链霉亲和素修饰的磁珠;
c.将步骤b所得的磁珠、待测液、T链以及步骤a所得H1链和H2链在PBS缓冲液中进行杂交链式反应;
d.将步骤c所得磁珠通过流式分析各组组装产物的荧光信号。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于所述的步骤b的具体操作步骤为:将链霉亲和素修饰的磁珠、捕获链C链加入1×PBS中,使链霉亲和素修饰的磁珠和捕获链C链的终浓度分别为:0.05mg/ml~0.1mg/ml、150nM~250nM;振荡混匀后,置于振荡型恒温金属浴中,37℃反应1h~2h;反应结束后清洗磁珠,即得到结合有捕获连C链的有链霉亲和素修饰的磁珠。
7.根据权利要求5所述的方法,其特征在于所述的步骤c的具体操作步骤为:将结合有捕获连C链的有链霉亲和素修饰的磁珠、待测液、T链以及荧光基团修饰在H1和H2加入到1×PBS缓冲溶液中进行杂交链式反应,使模拟靶标miRNA的终浓度为50nM~150nM、T链的终浓度为150nM~250nM、荧光基团修饰的H1和H2的终浓度为:300nM~600nM;置于振荡型恒温金属浴中,37℃反应1h~2h;反应结束后清洗磁珠。
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