[发明专利]用于评估鼠类肿瘤模型中的免疫反应的方法和组合物

说明书

本公开提供了基于表征肿瘤免疫相互作用的基因组合的表达来评估鼠类肿瘤模型中的免疫反应的方法和组合物，例如试剂盒和微阵列。

发明领域

本发明大体上涉及分子生物学、癌症生物学和动物模型。

背景技术

癌症是一种异质性疾病并且与免疫系统密切相关。充分了解癌症与免疫性之间的相互作用在癌症治疗中的重要性已引起广泛关注，特别是在免疫疗法中。然而，仅20-30％的癌症患者会对免疫疗法起反应，并且诱导免疫相关不良作用和自身免疫反应也增加了复杂性。如果能够预测谁会受益于免疫疗法将能够节约治疗费用并且不伤害患者健康。

由多种生物技术得到的实验性鼠类模型是必不可少的临床前模型系统。分子病理学技术，如基因表达生物标记物，被广泛用于这些模型的系统剖析和表征。然而，到目前为止，尚无设计用于鼠类临床前免疫肿瘤学研究以在基因表达水平上表征肿瘤-免疫相互作用的稳固且有成本效益的测定。

发明概述

在一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的方法。在一个实施例中，所述方法包括：从所述鼠类模型获得样品；检测所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因；将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及评价所述鼠类模型中的免疫反应。

在某些实施例中，所述鼠类模型具有肿瘤。在某些实施例中，所述样品是肿瘤组织。

在某些实施例中，所述鼠类模型用疗法治疗。在某些实施例中，所述疗法是免疫疗法。

在某些实施例中，所述基因组合的表达是使用下一代测序(NGS)检测的。

在某些实施例中，免疫反应包含活化选自下组的免疫细胞：B细胞、树突状细胞、巨噬细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、CD4+T细胞和CD8+T细胞。

在另一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的试剂盒。在某些实施例中，所述试剂盒包含用于检测来自所述鼠类模型的样品中基因组合的表达的引物，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因。

在另一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的微阵列。在某些实施例中，所述微阵列包含用于检测来自所述鼠类模型的样品中基因组合的表达水平的探针，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因。

在又另一方面，本公开提供一种非暂时性计算机可读介质，其具有指令存储于其上，其中所述指令在由处理器执行时使处理器：检索所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因；将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及评价所述鼠类模型中的免疫反应。

附图简述

以下附图形成本说明书的一部分并且旨在进一步展示本公开的某些方面。通过参照这些附图中的一个或多个，结合本文中呈现的具体实施例的详细描述，可以更好地理解本公开。

图1A-1B显示针对验证组中来自非荷瘤小鼠脾的B细胞(图1A)和T细胞(图1B)进行细胞分选的结果。

图2显示通过比较验证组中鼠类免疫肿瘤学组的靶基因与非靶基因的表达水平进行质量评估。

图3显示针对分成50个类别的鼠类免疫肿瘤学组标志进行的单样品基因集富集分析(single-sample gene set enrichment analysis，ssGSEA)展示生物标记物在验证组中的高度一致性。

图4显示使用基于鼠类泛癌症基因表达组合的标志估算的验证组中的细胞分数。

发明详述