[发明专利]膀胱癌患者总体生存率预后模型

说明书

本发明属于生物工程及肿瘤标志物领域技术领域，涉及一种膀胱癌患者总体生存率预后模型，具体涉及基于12个DNA修复相关基因可预测膀胱癌患者的总体生存率的预后模型。本发明建立了具有12个DRRG的预后模型，并将膀胱癌患者分为高、低风险组。在训练队列中膀胱癌患者的风险评分与OS显著相关（P0.001；HR=6.3[4.1，9.8]）。ROC曲线分析显示，在1年，3年和5年随访中，AUC分别为0.763、0.735 and 0.735。预测性能已在测试集中得到验证。

技术领域

本发明属于生物工程及肿瘤标志物领域技术领域，涉及一种膀胱癌患者总体生存率预后模型，具体涉及基于12个DNA修复相关基因可预测膀胱癌患者的总体生存率的预后模型。

背景技术

膀胱癌（BLCA）是泌尿系统最常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率很高，初诊时约有75％的膀胱癌患者为非肌肉浸润性膀胱癌（NMIBC），约25％的患者是肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）或转移性疾病。NMIBC通常通过膀胱内化疗或免疫疗法联合TURBT进行局部治疗，然而大多数NMIBC在6-12个月内复发，10％-15％的患者可能进展为浸润性或转移性疾病。总体而言，膀胱癌各个阶段的5年生存率仍不超过20％。

大多数膀胱肿瘤具有复杂的基因组，其特征在于高的突变负担以及频繁的拷贝数改变和染色体重排。膀胱肿瘤中存在DNA修复途径的改变，包括双链断裂（DSB）和核苷酸切除修复（NER）途径，可能会导致基因组不稳定并驱动肿瘤表型。DNA损伤（例如顺铂，丝裂霉素C和放射线）通常用于治疗肌肉浸润性或转移性膀胱癌，最近的一些研究已将特定的DNA修复途径缺陷与对基于DNA损伤的疗法的敏感性联系起来。另外，肿瘤DNA修复缺陷对于免疫治疗和其他靶向药物在膀胱癌中的使用具有重要意义。DNA修复相关基因与临床治疗密切相关，但是没有研究以此构建预后模型,因此，进一步了解膀胱癌DNA修复改变的前景的努力对于推进膀胱癌的治疗至关重要。而目前，尚未有基于DNA修复相关基因对膀胱癌患者进行预后分层的研究。因此很必要对DNA修复相关基因在膀胱癌中的表达和预后进行分析，为构建预后风险模型和治疗提供基础理论依据。

发明内容

本发明针对传统DNA修复相关基因在膀胱癌中的表达和预后进行分析存在技术空白的问题，提出一种新型的膀胱癌患者总体生存率预后模型。

为了达到上述目的，本发明是采用下述的技术方案实现的：

检测12种DNA修复基因表达水平的试剂盒在制备膀胱癌患者总体生存率诊断或辅助诊断产品中的应用。

12种DNA修复基因为HMGA1、 PRPF19、COPS2、 PAGR1、 RBM17、 PARP10、FBXO6、UBE2D3、 SIRT6、 FANCF、 RAD9A、REV1，序列如SEQ ID NO:1-12所示。

所述试剂盒还包括一个诊断模型，所述模型为：风险评分=(0.000133 * HMGA1的表达水平) + (0.007990 * PRPF19的表达水平) + (0.003889 * COPS2的表达水平) +(0.007473 * PAGR1的表达水平) + (-0.008353 * RBM17的表达水平) + (-0.000486 *PARP10的表达水平) +( -0.012050 * FBXO6的表达水平) +( -0.010389 * UBE2D3的表达水平) +( -0.004033 * SIRT6的表达水平) +( -0.030894 * FANCF的表达水平) +( -0.029960 * RAD9A的表达水平) +( -0.075726 * REV1的表达水平)。

膀胱癌患者总体生存率预后模型的构建方法，包括如下步骤：

（1）从癌症基因组图谱TCGA中下载标准化的RNA sequencing数据集和临床数据，该数据集包含来自411个肿瘤样品和19个非肿瘤样品；归一化处理后，使用R包org.Hs.eg.db将探针转化为基因名，对于多个探针对应的基因选取平均表达值最大的探针；