[发明专利]使用靶基因表达的数学建模评价PI3K细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种方法，其包括：

至少基于医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中测量的PI3K细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的表达水平推断所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：

测定所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中的FOXO转录因子(TF)元件的水平，所述FOXO TF元件控制PI3K细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的转录，所述测定至少部分基于评估将PI3K细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的表达水平与FOXOTF元件的水平关联的数学模型；

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中的FOXO TF元件的测定水平推断所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的活性，

其中所述推断通过使用所述数学模型的数字处理设备来执行。

2.权利要求1的方法，其中所述推断包括：

至少基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中测量的PI3K细胞信号传导途径的一种或多种、优选至少三种靶基因的表达水平推断所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的活性，所述靶基因选自：AGRP、BCL2L11、BCL6、BNIP3、BTG1、CAT、CAV1、CCND1、CCND2、CCNG2、CDKN1A、CDKN1B、ESR1、FASLG、FBXO32、GADD45A、INSR、MXI1、NOS3、PCK1、POMC、PPARGC1A、PRDX3、RBL2、SOD2和TNFSF10。

3.权利要求2的方法，其中所述推断还基于医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中测量的PI3K细胞信号传导途径的至少一种靶基因的表达水平，所述靶基因选自：ATP8A1、C10orf10、CBLB、DDB1、DYRK2、ERBB3、EREG、EXT1、FGFR2、IGF1R、IGFBP1、IGFBP3、LGMN、PPM1D、SEMA3C、SEPP1、SESN1、SLC5A3、SMAD4和TLE4。

4.权利要求2的方法，其中所述推断还基于医学主体的组织和/或细胞和/或体液的提取样品中测量的PI3K细胞信号传导途径的至少一种靶基因的表达水平，所述靶基因选自：ATG14、BIRC5、IGFBP1、KLF2、KLF4、MYOD1、PDK4、RAG1、RAG2、SESN1、SIRT1、STK11和TXNIP。

5.权利要求1的方法，其还包括：

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性确定PI3K细胞信号传导途径在所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中是否异常运行。

6.权利要求5的方法，其还包括：

为所述医学主体推荐开药，所述药物校正PI3K细胞信号传导途径的异常运行；

其中只有当基于PI3K细胞信号传导途径的推断活性确定PI3K细胞信号传导途径在所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中异常运行时才进行所述推荐。

7.权利要求1的方法，其中所述方法用于以下活动中的至少一种中：

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性的诊断；

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性的预后；

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性的药物处方；

基于医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性预测药效；

基于医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性预测副作用；

药效的监测；

药物开发；

测定开发；

途径研究；

癌分期；

基于所述医学主体的组织和/或细胞和/或体液中的PI3K细胞信号传导途径的推断活性在临床试验中登记所述医学主体；

待进行的后续测试的选择；和

伴随诊断测试的选择。