[发明专利]用于鉴定和验证共有候选抗原和共有抗原特异性T淋巴细胞对的方法和系统

权利要求书

1.一种鉴定用于表征和/或治疗医学病况的一种或多种共有候选抗原的方法，所述方法包括：

(i)获得来自患有所述医学病况的第一患者队列的测试样品的转录组数据；

(ii)获得一组参照样品的参照转录组数据；

(iii)通过将转录组数据与参照转录组数据进行比较，确定与参照样品相比在测试样品子集的各个样品中转录更高的一种或多种剪接变体；

(iv)对于每种所述共有剪接变体，确定存在于所述共有剪接变体的氨基酸翻译中但不存在于参照样品中转录的同一基因的相应剪接变体的氨基酸翻译中的一种或多种氨基酸序列；以及

(v)预测一种或多种共有氨基酸序列或其部分的HLA结合，以将一种或多种共有氨基酸序列鉴定为一种或多种共有候选抗原。

2.根据权利要求1所述的方法，其还包括在步骤(iv)之前对于每种所述共有剪接变体，确定第一共有剪接变体相对于同一基因的一种或多种相应剪接变体在阅读框中是否有变化。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(iv)包括确定共有剪接变体和同一基因的相应剪接变体之间的非重叠核苷酸序列。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中包括所述共有剪接变体的子集包括多于阈值数目或多于阈值百分比的测试样品。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括确定在多于预定比例的第一患者队列中存在的一种或多种共同HLA等位基因；其中步骤(v)包括：从所述一种或多种氨基酸序列产生多种候选肽；和预测多种共有候选肽与由所述一种或多种共同HLA等位基因编码的蛋白质的结合。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中参照样品组包括来自所述第一患者队列的匹配的正常样品。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述参照样品组包括来自未患有所述医学病况的受试者队列的样品。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述医学病况是癌症。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述医学病况是胃癌、头和颈癌、结直肠癌或肝细胞癌。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一患者队列具有特定HLA亚型。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述医学病况是一组患者共有的。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述共有候选抗原是MARK3、NBPF9、PARD3、ZC3HAV1、YAF2、CAMKK1、LRR1、ZNG670、GRINA或MZF1剪接变体，并且HLA等位基因是HLA-A11或HLA-A24。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述剪接变体包含与SEQ ID NO:1、31-38、51或52中的任一个具有至少80％序列同一性的肽，或编码与SEQ ID NO:1、31-38、51或52中的任一个具有至少80％序列同一性的肽的核酸。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括验证或测试所述一种或多种共有氨基酸序列的HLA结合以将所述一种或多种共有氨基酸序列鉴定为共有候选抗原。

15.一种鉴定共有抗原-T淋巴细胞对的方法，所述方法包括：

a)根据权利要求1至14中任一项鉴定共有候选抗原；提供一种或多种分别标记的生物分子，其包含标记物和含有共有候选抗原的肽；

b)使一种或多种标记的生物分子与一个或多个包含来自患有医学病况的患者的外周血的样品接触；以及

c)从所述一个或多个样品中鉴定与所述标记的生物分子结合的T淋巴细胞，从而鉴定共有抗原-T淋巴细胞对。