[发明专利]表观遗传分析方法

权利要求书

1.用于分析DNA的方法，所述方法包括：

-通过以下形成经标记的DNA片段：

(a)将基因组DNA切割成DNA片段；

(b)用包含可水解部分的接头选择性地使所述DNA中存在的任何未甲基化CpG位点官能化；以及

(c)将标记连接至所述接头；

-将所述经标记的DNA片段与任何未经标记的DNA片段分离；

-使所分离的经标记DNA片段中接头的可水解部分水解，以便从所述标记中释放所述DNA片段；以及

-对所释放的DNA片段进行测序。

2.权利要求1所述的方法，其中步骤(c)在步骤(b)之前进行。

3.权利要求1或权利要求2所述的方法，其中步骤(a)在步骤(b)之后或在步骤(c)之后进行。

4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其中用接头选择性地使所述DNA中的任何未甲基化CpG位点官能化是使用DNA甲基转移酶进行的，所述DNA甲基转移酶能够选择性地将可转移基团从S-腺苷-L-甲硫氨酸辅因子类似物转移至所述DNA的未甲基化CpG位点，其中所述可转移基团构成所述接头。

5.权利要求4所述的方法，其中所述DNA甲基转移酶是胞嘧啶-5甲基转移酶，任选地其中所述胞嘧啶-5甲基转移酶是M.MpeI。

6.权利要求5所述的方法，其中所述DNA甲基转移酶是M.MpeI的双突变体(Q136A/N374A)。

7.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述可水解部分包含亚胺部分(例如，席夫碱部分)、肟部分或腙部分。

8.权利要求7所述的方法，其中所述可水解部分包含席夫碱。

9.权利要求4至8中任一项所述的方法，其中所述S-腺苷-L-甲硫氨酸类似物具有以下通式：

其中R表示可转移基团，其构成所述接头；

FG表示官能团；

Z表示选自脂族键或芳族键之一的非反应性基团；

A-B-C表示所述可水解部分；

Y表示选自脂族键或芳族键之一的非反应性基团；

U表示不饱和键，其例如选自以下中的一者：烯烃、炔烃、芳基、包含羰基的碳原子、包含一个或两个S＝O键的硫原子；并且

k表示1或2的整数。

10.权利要求9所述的方法，其中Z包含聚醚链，任选地包含含有最多5个乙二醇单体的聚乙二醇链。

11.权利要求9或权利要求10所述的方法，其中FG选自叠氮化物、炔烃、异硫氰酸酯/盐或异氰酸酯/盐部分之一。

12.权利要求9至11中任一项所述的方法，其中所述S-腺苷-L-甲硫氨酸类似物具有以下通式：

13.权利要求9至11中任一项所述的方法，其中所述S-腺苷-L-甲硫氨酸类似物具有以下通式：

14.权利要求9至13中任一项所述的方法，其中所述接头分子具有以下通式：

其中所述可水解部分是席夫碱部分，其包含C＝N-X-C-Q部分；

P表示1至15的整数；

Q表示以下中的一者：独立地键合至碳中心的氧原子或两个氢原子；

X表示氧原子或氮原子中的一者；

Z表示选自脂族键或芳族键之一的非反应性基团；

U表示不饱和键，其选自以下中的一者：烯烃、炔烃、芳基、包含羰基的碳原子、包含一个或两个S＝O键的硫原子；

k表示1或2的整数；并且

FG表示官能团。