[发明专利]用于扩增和检测包括从cccDNA转录的HBV RNA在内的乙型肝炎病毒RNA的组合物和方法

权利要求书

1.一种用于检测样品中乙型肝炎病毒(HBV)RNA的一种或多种靶核酸的方法，所述方法包括：

(a)提供样品；

(b)进行扩增步骤，所述扩增步骤包括使所述样品与一种或多种竞争性结合寡核苷酸和一组或多组引物以及核酸聚合酶接触，其中所述一组或多组引物包括一种或多种正向引物以及还起反向引物作用的一种或多种反转录(RT)引物，以在所述样品中存在HBV RNA的一种或多种靶核酸的时候产生扩增产物；

(c)进行杂交步骤，所述杂交步骤包括使在所述样品中存在所述HBV RNA的一种或多种靶核酸的时候的所述扩增产物与一种或多种探针接触；以及

(d)进行检测步骤，所述检测步骤包括检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示所述样品中存在所述HBV RNA的一种或多种靶核酸，并且其中所述扩增产物的不存在指示所述样品中不存在所述HBV RNA的一种或多种靶核酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中一种或多种竞争性阻断寡核苷酸与所述样品中可能存在的任何同源HBV DNA杂交，从而防止所述一组或多组引物与所述样品中可能存在的任何同源HBV DNA结合。

3.根据权利要求1或2中任一项所述的方法，其中所述HBV RNA的一种或多种靶核酸来源于共价闭合环状双链DNA(cccDNA)。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述cccDNA是HBV前基因组RNA(pgRNA)。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述HBV RNA的一种或多种靶核酸包含多聚A尾。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述还起反向引物作用的一种或多种反转录(RT)引物包含多聚T区段以结合到所述HBV RNA的一种或多种靶核酸的所述多聚A尾。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述样品是生物学样品。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物学样品是血浆。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物学样品是血液。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中：

(i)所述一种或多种正向引物包含SEQ ID NO：387的核酸序列或其互补序列；

(ii)所述还起反向引物作用的一种或多种反转录(RT)引物包含选自SEQ ID NO：34、35、43、94、96、112、116、117、119、121、123、124、141、142、151、152、153、154、155、157、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189和190的组中的一种或多种核酸序列或其互补序列；

(iii)所述一种或多种探针包含SEQ ID NO：388的核酸序列或其互补序列；并且

(iv)所述一种或多种竞争性阻断寡核苷酸包含选自SEQ ID NO：1、2、3、4、5、9、10、11、14和15的组中的核酸序列或其互补序列。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述还起反向引物作用的一种或多种反转录(RT)引物包含两种核酸序列，其中所述两种核酸序列包含SEQ ID NO：151和152的核酸序列或其互补序列；并且所述一种或多种竞争性阻断寡核苷酸包含一种包含SEQ ID NO：11的核酸序列或其互补序列的序列。

12.根据权利要求10所述的方法，其中所述还起反向引物作用的一种或多种反转录(RT)引物包含SEQ ID NO：96的核酸序列或其互补序列；并且所述一种或多种竞争性阻断寡核苷酸包含一种包含SEQ ID NO：11的核酸序列或其互补序列的序列。