[发明专利]玉米南方锈菌多态性SSR标记及其应用

说明书

本发明涉及玉米南方锈菌多态性SSR标记及其应用，具体提供12对具有多态性的玉米南方锈菌SSR标记。本发明所提供的玉米南方锈菌12对多态性SSR标记弥补了没有玉米南方锈菌SSR标记的缺陷。本发明筛选出的12对多态性SSR标记为玉米南方锈菌的分子生物学研究提供基础，能够有效从分子水平上确定玉米南方锈菌传播途径，并指导玉米南方锈菌防治；对减少玉米产量损失，减少农药使用量具有重要意义。

技术领域

本发明涉及分子生物学与群体遗传学领域，具体涉及一种玉米南方锈菌多态性SSR标记。

背景技术

玉米南方锈菌的夏孢子能够通过借助气流进行远距离传播，其夏孢子可以随气流到达15,000英尺的高度进行传播。玉米南方锈病在我国由南向北依次发生，因此该病在我国极有可能存在由南往北的传播。玉米南方锈菌群体遗传学的研究可以明确玉米南方锈菌的传播路径，为玉米南方锈菌的防治提供科学指导。

世界上应用分子方法和群体遗传学手段对玉米南方锈菌的群体结构研究实例极少，主要是由于遗传标记的缺乏。比如至今没有有关SSR标记或SNP标记的报道，前人多使用RFLP和ISSR标记来研究玉米南方锈菌。

在日本，利用ITS1和ITS2区域的RFLP标记研究采自日本的14个玉米南方锈菌菌株，发现在日本至少有2个群体(Hirayae et al.,1998)。在泰国，利用5对ISSR标记对采自泰国8个不同省份的38个菌株进行群体遗传分析，结果显示该38个样品可划分为13个群体(Unartngam,2011)。郭云艳等(2013)利用18对ISSR引物对我国12个省份的72个菌株进行群体遗传分析，发现72个菌株被划分为2个群5个亚群和10个组，菌株群体间存在较高的遗传变异。

ISSR引物可以用做群体遗传结构分析，但其数据类型不适合用于玉米南方锈菌传播或迁移方面的推测，也不符合传播研究所需的统计方法和软件对数据的要求。RFLP方法更费时、费力，需要进行DNA多种酶切、转膜以及探针的制备等多个步骤，仅对基因组单拷贝序列进行鉴定。群体遗传学研究特别是菌源传播研究的最有力的标记只有SSR和SNP两类标记，但目前没有玉米南方锈菌多态性SSR标记，主要原因是目前没有玉米南方锈菌的全基因组序列或转录组序列，因此，没法根据基因序列设计并合成SSR标记。

SSR标记为共显性标记，SSR标记为重复序列，因此具有高度的专一性与特异性，多态性丰富，重复性好等特点。应用SSR标记研究病原菌群体的遗传结构并通过深入分析探讨病原菌传播的规律，能够有效确定玉米南方锈病在我国的传播路径。

发明内容

本发明开发了12对玉米南方锈菌多态性SSR标记，用于玉米南方锈菌群体遗传学和传播路径的研究。

本发明的第一方面提供玉米南方锈菌SSR标记，扩增所述玉米南方锈菌SSR标记的引物对如SEQ ID No.1-2、SEQ ID No.3-4、SEQ ID No.5-6、SEQ ID No.7-8、SEQ ID No.9-10、SEQ ID No.11-12、SEQ ID No.13-14、SEQ ID No.15-16、SEQ ID No.17-18、SEQ IDNo.19-20、SEQ ID No.21-22、SEQ ID No.23-24所示。

本发明第二方面提供玉米南方锈菌SSR标记的组合，由表1所述玉米南方锈菌SSR标记的两个或多个组成。

本发明第三方面提供用于扩增玉米南方锈菌SSR标记的引物，如SEQ ID No.1-24所示：

F:AAAGGACCGACGCAAGAGAG(SEQ ID No.1)，

R:CCGATCGAGTCCAATACCCG(SEQ ID No.2)；

F:GCTTGCGATTGAAGGCTACG(SEQ ID No.3)，

R:CGAGGGAGACGAAGAAGGTG(SEQ ID No.4)；