[发明专利]一种精准定量的ATAC-seq文库制备方法及试剂盒

说明书

本申请提供一种精准定量的ATAC‑seq文库制备方法及试剂盒，包括两种衔接子，第一衔接子为5`‑S1‑S2‑S3‑S4‑3`，第二衔接子为5`‑S5‑S6‑S7‑S8‑3`，其中,所述S1为第一测序引物，S2为随机标签序列，S2的碱基为A、T、G、C中的一种或多种的随机组合，S2的碱基的数量为1‑95的任一整数，S3为固定序列，所述S4与S8的碱基序列相同，为Tn5转座子固定序列，S5为第二测序引物，S6为随机标签序列，S6的碱基为A、T、G、C中的一种或多种的随机组合，S6的碱基的数量为1‑100的任一整数，S7为另一固定序列，将所述两种衔接子与Tn5酶进行孵育得到转座复合体；再将转座复合体与测试样本进行孵育，得到扩增模板；将所述扩增模板进行PCR扩增，得到测序文库。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，更具体地，涉及一种精准定量的ATAC-seq文库制备方法及试剂盒。

背景技术

目前我们可以通过转座酶可及染色体(ATAC)测定，来研究基因组中开放染色质区域，开放染色质区域是转录因子与转录元件的重要结合位点。目前用于研究开放染色质区域的方法有：1.DNase-seq，将裸露的DNA片段用DnaseI内切酶切割，对切割完的DNA片段进行测序，与已知的全基因组序列进行比对，就能发现被切割掉的区域是哪部分，可以找到开发染色质区域，但是该方法操作繁琐、时间长(2-3天)，需要大量的细胞核用于实验(一百万以上个细胞核)，并且重复性也较差。2.ATAC-seq(Assay for Transposase-AccessibleChromatin using sequencing运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验)，利用Tn5转座酶直接处理细胞核，该方法操作简单、几个小时就能完成，需要的细胞核的量少，只需要500个细胞核即可完成建库测序，也能够更好的保证重复性，因此得到广泛的应用。

目前市场上用于ATAC高通量文库制备的主流试剂盒有Illumina公司Nextera系列等。这些试剂盒能满足不同的植物样品来源，最大程度的满足了科研应用，但是，目前市场上还没有一种完成精准定量的文库制备的方法，常规的ATAC-seq文库中的建库方法实验过程中仍然存在系统性误差，尤其在针对少量样品时，需要增加测序量来提高检测的准确性，而这种情况下数据的重复率会大幅增加，限制了该方法应用于精准医学和疾病预测的等其他需要。因此，需要建立一种精准定量的ATAC-seq文库制备方法及试剂盒。

发明内容

本发明的目的在于，提供一种精准定量的ATAC-seq文库制备方法及试剂盒，实现精准定量。

本申请的第一方面，涉及一种精准定量的ATAC-seq文库制备方法，所述方法包括：

(a)提供两种衔接子，第一衔接子为5`-S1-S2-S3-S4-3`，第二衔接子为5`-S5-S6-S7-S8-3`，其中,所述S1为第一测序引物，S2为随机标签序列，S2的碱基为A、T、G、C中的一种或多种的随机组合，S2的碱基的数量为1-95的任一整数，S3为固定序列，所述S4与S8的碱基序列相同，为Tn5转座子固定序列，S5为第二测序引物，S6为随机标签序列，S6的碱基为A、T、G、C中的一种或多种的随机组合，S6的碱基的数量为1-100的任一整数，S7为固定序列；将所述两种衔接子与Tn5酶进行孵育得到转座复合体；

(b)再将转座复合体与测试样本进行孵育，得到扩增模板；

(c)将所述扩增模板进行PCR扩增，得到测序文库。

在一些实施方式中，在步骤(a)中，所述S1为5`-TGTGAGAAATCTAGCATACGACTTCGTC-3`(SEQ ID NO:1),S3为5`-GCGATCGC-3`,S4和S8的碱基序列为5`-AGATGTGTATAAGAGACAG-3`(SEQ ID NO:2),S5为5`-CTGACTCCACACTGTAGAAGCCATGACACGG-3`(SEQ ID NO:3),S7为5`-CACCGTGCTC-3`(SEQ ID NO:4)，S2的碱基的数量为10-50的任一整数。