[发明专利]胶质瘤患者生存预测的预后分类系统

说明书

本发明涉及一种胶质瘤患者生存预测的预后分类系统，包括检测CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25这七种基因表达值的系统，该检查系统通过RNA‑seq检测这七种基因表达值；还包括基因表达值数据处理系统，将来自生存预测的胶质瘤患者样本中所述七种基因表达值转换为胶质瘤患者的核转运风险评分，再根据胶质瘤患者的核转运风险评分对待测胶质瘤患者生存预测进行预后分类。

技术领域

本发明属于生物信息和生物医学技术领域，涉及胶质瘤患者生存预测的预后分类系统。

背景技术

胶质瘤是人类中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤，也是脑肿瘤中最常见的类型之一，约占颅内原发肿瘤的40-60％。因具有高度侵袭性，即便手术切除并辅助放化疗，肿瘤复发率仍很高，患者预后较差，至今仍然是中枢神经系统肿瘤中预后最差的一类肿瘤。虽然胶质瘤在全身肿瘤中发病率较低，但患者的死亡率极高，更需要预后相关分子的研究。目前WHOⅡ级和Ⅲ级胶质瘤共同命名为较低级别胶质瘤(Ler GG)，并提出仅仅依靠组织学特点并不能进一步指导临床治疗和预后评估。因此，联合组织学特点及分子生物学标记物的诊断方法是目前胶质瘤研究的重点。按组织学和基因组表型进行分类。不仅包括IDH突变和1p/19q共缺失等基因组特征，还包括转录组特征和多瘤特征，这些特征可以作为分子分类的标志基因。国内外研究发现，一些肿瘤的分子标志物的表达水平，例如PTEN基因，可以作为一项独立的因子来影响胶质瘤患者的预后生存时间，但是像这样能够独立影响胶质瘤患者预后生存时间的分子标志物还比较少，因此需要发现更多的影响胶质瘤患者预后生存时间的分子标志物。尤其综合预后分类与经典分子生物标志物还需要进一步研究。

真核细胞由核膜分为细胞核和细胞质。大分子在细胞核和细胞质之间的运动，主要包括蛋白质和RNA，是通过核转运系统进行的。核转运系统包括三个主要组成部分：核孔复合体(NPC)、核内小分子GTP结合蛋白酶(RanGTPase)和核转运受体(NTR)。据报道，核转运系统在肿瘤的发生和转移过程中起着不可或缺的作用。核转运可作为几种癌症类型的治疗靶点。靶向核转运系统可能是一种有前途的治疗方法。据报道，许多参与核转运的基因与癌症患者的预后有关。这些结果表明，核转运可能是癌症预后的一个标志。然而，单个分子并不能代表整个系统的活性，而且对于核转运及其在癌症中涉及表达谱的预后价值缺乏系统的分析。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种胶质瘤患者生存预测的预后分类系统。

为达到上述目的，本发明提供如下技术方案：

1.胶质瘤患者生存预测的预后分类系统，所述预后分类系统包括检测CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25这七种基因表达值的系统。

进一步，所述检测CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25这七种基因表达值的系统包括通过RNA-seq检测这七种基因表达值所需的试剂和/或仪器。

进一步，所述试剂包括以样本mRNA为模板，合成cDNA所需正向和/或反向引物，所述引物序列如SEQ ID No.1-SEQ ID No.14所示。

进一步，所述胶质瘤患者生存预测的预后分类系统包括基因表达值数据处理系统，所述基因表达值数据处理系统用于将来自生存预测的胶质瘤患者样本中所述七种基因表达值转换为胶质瘤患者的核转运风险评分，再根据胶质瘤患者的核转运风险评分对待测胶质瘤患者生存预测进行预后分类。

进一步，基因表达值为FPKM值。

进一步，所述胶质瘤患者的核转运风险评分的计算方法为：CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25这七种基因每个基因的FPKM表达值与对应相关系数的乘积再求和。